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跑了一个蛋白质配体复合物体系，使用Parrinello-Rahman压浴和deform模拟剪切流， 在跑一段时间后会出现Pressure scaling more than 1%. This may mean your system is not yet equilibrated. Use of Parrinello-Rahman pressure coupling during equilibration can lead to simulation instability, and is discouraged.的提示，没有管，继续跑。
然后提示Step correcting invalid box:
old box (3×3)
old box[ 0]={2.47868e+01, 0.00000e+00, 0.000000e+00}
old box[ 0]={2.47868e+01, 0.00000e+00, 0.000000e+00}
old box[ 0]={2.47868e+01, 0.00000e+00, 0.000000e+00}
最后显示one or more water can not be settled，最终崩溃
尝试改变了mdp文件中Parrinello-Rahman的tau_p，从1.0，2.0，4.0都改过，还是出现这个情况，请问有什么解决方法吗
PS：正在将步长缩短至0.0005，tau_p改为5.0进行新的尝试。附mpd文件文件！
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发表于 Post on 2025-9-2 21:00:50
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