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[GROMACS] 求助:怎么计算每个水的氢键数目

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老师好,我想计算nafion体系里。每个水分子形成的氢键数目也就是类似与图1,如果使用gmx hbond -nhbdis的话会得到下面的一个截图,想请问一个水分子不是最多形成4个氢键吗,为什么图上显示最多只形成了三个氢键呢?total那一列又是什么意思?感谢解答


202509031326374154..png (99.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2025-9-4 07:51:03 | 只看该作者 Only view this author
没统计形成四个氢键的情况不代表没法形成
诸如第一行,5722=2696+942*2+382*3
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-4 12:12:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-4 07:51
没统计形成四个氢键的情况不代表没法形成
诸如第一行,5722=2696+942*2+382*3

不好意思老师,还是没有明白,那我该如何统计出形成4个氢键的情况呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-4 12:14:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 巴普洛夫的狗 于 2025-9-4 12:15 编辑
sobereva 发表于 2025-9-4 07:51
没统计形成四个氢键的情况不代表没法形成
诸如第一行,5722=2696+942*2+382*3

老师,我想画出图1的那种图,还需要统计形成4个氢键的情况,不知道该如何统计

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发表于 Post on 2025-9-4 19:11:04 | 只看该作者 Only view this author
注意看help里对-nhbdist的说明:
-nhbdist: compute the number of HBonds per hydrogen in order to compare
   results to Raman Spectroscopy
这给你的是每个氢能形成的氢键数,而不是每个水能形成的氢键数。并且注意如果没写-nomerge,默认是把每个水的两个OH形成的氢键数合在一起算的。
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