gromacs添加离子时遇到的问题

danking3 · 发表于 Post on 2017-4-11 20:15:31

各位大神好，本人初学gromacs，目前在算多金属氧酸盐，在添加离子这一步时遇到了这样的问题：我输入的命令是gmx grompp -f ions.mdp -c pom_solv.pdb -p topol.top -o ions.tpr
gromacs告诉我 Fatal error: Incorrect number of parameters - found 3, expected 2 or 4 for Bond.
我不知道是哪出了问题，求指教

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-11 20:26:40

把mdp、pdb、top都传上来

danking3 · 发表于 Post on 2017-4-11 21:08:13

谢谢老师，我之后跳过这步直接进行能量最小化，出现的错误提示跟这个是一样的，望老师指教。

danking3 · 发表于 Post on 2017-4-11 21:22:54

sobereva 发表于 2017-4-11 20:26
把mdp、pdb、top都传上来

我用的是amber99力场，并进行了一些小改动。

wbn · 发表于 Post on 2017-4-11 23:22:58

错误提示很明显啊，你的bond parameter 多了一列。把第三或者第四列去掉

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[GROMACS] gromacs添加离子时遇到的问题

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