gromacs如何选择平衡路径参数（有机共轭分子体系）

lts！ · 发表于 Post on 2025-9-3 15:42:02

我在做多个相同的有机共轭小分子的聚集形貌gromacs模拟，首先用packmol随机将分子放在盒子中，然后再做能量最小化，对后续的NPT平衡流程参考文献报道不一，在文献当中最常见的平衡路径是首先在650K平衡后，再退火到300K常温，并保持300K温度NPT到体系平衡，也有一些文献用的是500K-300K-500K的周期性退火NPT，最终冷却到300K再平衡，还有的用800K-300K-800K的周期性退火后再冷却至300K，并且在800K和300K时分别保持10ns和2ns，另外，每篇文献的退火速率也不尽相同，有的1ns变化800K，有的1ns变化10K，我对如此多样的NPT平衡流程感到困惑，我想问：1.周期性退火和一次性高温到常温退火适用环境有什么区别，2.在平衡路径的参数选择中哪些参数是相对重要的，哪些参数没有那么重要？

student0618 · 发表于 Post on 2025-9-3 16:17:29

很多是按经验调的，不同体系可能都不同。

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-4 08:03:48

原理上，只需要退火一次，并且退火越慢越好。效果结合实际体系进行测试。一些文献里的做法本来就不是最理想的或者不具备普适性，没有参考的必要

lts！ · 发表于 Post on 2025-9-4 10:02:23

谢谢各位老师的建议！

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