gromacs模拟蛋白质吸附在金平面，RMSD后期波动，我想问结构稳定了吗?

十四~ · 发表于 Post on 2025-9-5 10:13:04

本帖最后由十四~ 于 2025-9-5 10:14 编辑

各位大神，金平面和蛋白质初始结构是我手动搭建的。我在跑蛋白质骨架RMSD过程中，发现前70ns还算稳定，70到100ns又开始波动。RMSD的值最大有2nm
这样子0到100ns能直接拿来用吗？
下面是最后一帧的轨迹，蛋白质是个二聚体，整个过程慢慢分开，然后左侧蛋白质有少部分超出了盒子边界。
我想要的结果是蛋白质的二级结构（螺旋结构等等）总体稳定，我算了各类二级结构演化图很稳定，但是rmsd又挺大。
想问问大神，我能不能直接就用这100ns的轨迹？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2025-9-5 10:32:34

算rmsd要看你对齐的谁

liulai · 发表于 Post on 2025-9-5 10:34:13

喵星大佬发表于 2025-9-5 10:32
算rmsd要看你对齐的谁

您好，我是作者，算rmsd两次都选择的是backbone

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-5 12:05:12

问题不大，虽然可以再跑50ns观望

liulai · 发表于 Post on 2025-9-6 15:58:54

sobereva 发表于 2025-9-5 12:05
问题不大，虽然可以再跑50ns观望

G:\360MoveData\Users\Administrator\Desktop\图片1.png老师您好，想问一下我多跑了50ns，现在结果怎么样呢？

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-6 16:30:24

liulai 发表于 2025-9-6 15:58
老师您好，想问一下我多跑了50ns，现在结果怎么样呢？

充分平衡了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] gromacs模拟蛋白质吸附在金平面，RMSD后期波动，我想问结构稳定了吗?

浏览过的版块