如何将excel表格中小分子smile批量转换成三维sdf格式的分子？

志同道合 · 发表于 Post on 2025-9-6 10:41:04

我是从ChemBL中下载下来的目标蛋白质的小分子数据库，我发现Chembl只能下载含有小分子smile式的excel表格，现在我想要将这些小分子全部转化成三维sdf格式的分子，用chem3D的话只能一个一个转，请问有没有能够批量将表格中的smile式转换成三维sdf格式分子的方法？

wal · 发表于 Post on 2025-9-6 11:04:08

写个脚本用openbabel或者rdkit转换
可以参考我的脚本[辅助/分析程序] SmilesFakeG：极懒主义从chemdraw生成Gaussian输入文件，把fakeg的逻辑去掉就行

student0618 · 发表于 Post on 2025-9-6 14:50:54

参考sob老师的这篇博文最后一个section http://sobereva.com/440

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