蛋白质-小分子复合物体系gro文件用VMD打开检查时报错

XuMon

老师，我的蛋白质-小分子复合物体系gro文件用VMD打开检查时报错，请问是什么原因呢？
250915我在PDBe里面下载了2zoq蛋白，在TCMSP中下载了药物的活性成分mol2格式。对于蛋白的处理：我将水分子和多余的分子去掉后按照指令生成新的pdb格式，选择的是Amber14SB_parmbsc1力场和TIP3P水模型，pdb文件可以用VMD打开，没有报错。

对于药物小分子的处理：我用sobtop生成拓扑文件，立场选择GAFF，并继续生成gro文件。生成的gro文件也可以用VMD打开，未见报错。
生成拓扑文件时，我也确认了原子数的更改，但是为什么复合物的gro文件用VMD打开后生成了错误，并且打不开那个文件呢？
随后我检查了一下小分子文件，看到1MOL列1与MOL之间没有间隔，我以为是这个问题，就把数字与英文字符隔开，然后重新将小分子数据复制到大分子文件后，重新生成的gro文件可以用VMD打开，但是出现了报错：
“Warning) Unusual bond between residues:  24 (protein) and 1 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  24 (protein) and 1 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  367 (protein) and 1 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  367 (protein) and 1 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  367 (protein) and 1 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  367 (protein) and 1 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  374 (protein) and 375 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  342 (protein) and 1 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  374 (protein) and 375 (none)”


250916我今天又把小分子文件中1与MOL间的空格删掉，按照相同操作重新做了一次复合物的gro文件，打开后复合物的VMD显示比昨天正常了，但是仍然出现了报错：
“Warning) Unusual bond between residues:  353 (protein) and 0 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  353 (protein) and 0 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  374 (protein) and 375 (none)
Warning) Unusual bond between residues:  374 (protein) and 375 (none)”


请问老师这种情况下会影响我后续的动力学分析吗，如果会影响的话我该如何解决该问题呢？

student0618

药物分子不能直接放，应用如docking放合理位置再跑。

XuMon

student0618 发表于 2025-9-16 10:21
药物分子不能直接放，应用如docking放合理位置再跑。

那做分子动力学模拟的时候直接用分子对接后的文件跑吗？但是我看官网教程是直接放的呀？

student0618

XuMon 发表于 2025-9-16 15:59
那做分子动力学模拟的时候直接用分子对接后的文件跑吗？但是我看官网教程是直接放的呀？

能直接放的小分子通常是pdb已经有蛋白+配体，直接拿出来再放回去的。

btw 提问说到教程的话最好给连结

XuMon

student0618 发表于 2025-9-16 17:01
能直接放的小分子通常是pdb已经有蛋白+配体，直接拿出来再放回去的。

btw 提问说到教程的话最好给连结

谢谢老师，我想问一下拿出来后的配体还有必要用multiwfn重新计算原子电荷吗？

student0618

XuMon 发表于 2025-9-21 17:42
谢谢老师，我想问一下拿出来后的配体还有必要用multiwfn重新计算原子电荷吗？

如果算电荷后docking的不用，确保原子排序正确就行。

如果是pdb拿出来的就要算。

XuMon

student0618 发表于 2025-9-21 19:40
如果算电荷后docking的不用，确保原子排序正确就行。

如果是pdb拿出来的就要算。

好的，非常感谢老师

XuMon

老师，我在分子对接后将小分子从蛋白-配体复合物的pdbqt文件中用chimera软件提取出来的mol2文件里没有小分子的电荷数，请问需要将pdbqt中的电荷填进mol2文件吗？

XuMon

student0618 发表于 2025-9-21 19:40
如果算电荷后docking的不用，确保原子排序正确就行。

如果是pdb拿出来的就要算。

老师，我在分子对接后从蛋白-配体复合物的pdbqt文件中用chimera软件提取出来的小分子mol2文件（将蛋白质删去后做了加氢处理）里没有小分子的电荷数，请问这种情况下小分子的mol2文件电荷需要重新计算RESP原子电荷吗，还是可以继续操作然后生成小分子的拓扑文件呢？

student0618

XuMon 发表于 2025-9-21 21:55
老师，我在分子对接后从蛋白-配体复合物的pdbqt文件中用chimera软件提取出来的小分子mol2文件（将蛋白质 ...

原子排序正确、先前已经用Multiwfn/Sobtop生成了拓朴的话可以直接换成gro使用。

不然想重新用Multiwfn/Sobtop生成也行。