【Qbics-MolStar教程2】观看轨迹与一键导出动画

coolrainbow

大家好，我在这里想推广一下我们开发的分子可视化与建模软件Qbics-MolStar，欢迎大家安装使用！

Qbics-MolStar基于开源程序Mol*开发，但是我们在上面做了海量的二次开发工作，使它几乎支持所有的化学对象可视化（分子、轨迹、波函数甚至正在开发的粗粒化模型）。作者作为长期一线的计算化学研究人员，在开发过程中提供的功能兼容计算化学以往的大部分经验（如VMD选择语法、Pymol选择语法、GaussView建模界面等、Multiwfn选项等），从而大大降低学习门槛。

程序提供网页版和Windows桌面版，前者用浏览器打开即用（手机都可以），后者绿色安装，可以在线升级。软件在不断开发中，欢迎大家提出宝贵意见。我们将根据用户的建议随时改进！

立即使用：http://molstar.szbl.ac.cn/viewer/

部分效果请参见：Qbics-MolStar Gallery — ZHANG Jun's Website documentation

Qbics-MolStar教程（不断更新中）：Qbics-MolStar教程 — Qbics-MolStar 1.0 documentation

也请大家关注下我们开发的量子化学程序Qbics:  http://zhjun-sci.com/qbics



今天给大家介绍一下Qbics-MolStar的观看轨迹的功能，用Qbics-MolStar可以观看几乎所有主流格式的轨迹（文本格式、二进制格式等），并且可以一键导出高质量动画（MP4，GIF等），再也不用手动组合多个软件才能实现。这部分功能，除了Qbics-MolStar外，后台调用了优秀的开源软件FFmpeg。

1. 以XYZ轨迹文件为例查看轨迹并导出动画

本例中使用的文件可以在这里下载：Files.

• 通过访问与安装，可视化文件或SMILES代码的两种方法（拖拽 / 选择文件）使 .xyz 文件在 Qbics-MolStar 界面显示渲染。

  
  

• 请注意，可查看轨迹的前提是当前您所选取的 .xyz 文件存在多帧信息。

• 此处，我们开启Dynamic Bonds按钮，以动态观察键连的变化。

  
  

• 点击图形界面左上角Select Animation按钮，选择不同的轨迹或场景动画演示方式。在此处，我们选择系统默认的 Animate Trajectory 方法（分子模拟轨迹）

  
  

• 点击Start按钮，渲染轨迹动画。

  
  

• 动画播放效果如下：

  
  

• 点击Qbics-MolStar界面右下角Export Animation按钮实现轨迹导出功能（此处与Select Animation按钮下的选择情况一致）。

  
  

• 点击Render按钮，使Qbics-Molstar进行轨迹处理。（若提示 Rendering successful 后，您希望更换当前的处理结果，可以点击下方的Clear做清除处理。）

  
  

• 存在 4 种文件类型可以导出：MP4，AVI，GIF，MKV。

  
  

• 确定希望导出的文件类型后，点击Save Animation导出结果。

  
  

• 此处作为示例，为您展示 GIF 的输出结果。

  
  

  
  

2.2. 以GRO + XTC文件为例查看轨迹并导出动画

本例中使用的文件可以在这里下载：Files.

XYZ格式中的轨迹既有坐标也有拓扑信息，但是很多分子动力学使用一些二进制格式的轨迹文件，如XTC（GROMACS 压缩格式），它们中并不包含拓扑信息。在 Qbics-MolStar 中，您可以组合任意包含拓扑信息和坐标信息的文件来读轨迹。这里以GRO+XTC来掩饰。

• 在 Load Files - Model部分选择 .gro 文件作为体系的初始结构信息（选择文件的操作步骤详见访问与安装，可视化文件或SMILES代码）:

  
  

• 在 Load Files - Coordinates部分选择 .xtc 文件获取模拟过程中的轨迹坐标信息（选择文件的操作步骤详见访问与安装，可视化文件或SMILES代码）:

  
  

• 点击 Apply去命令 Qbics-MolStar 渲染轨迹

  
  

• 渲染结果如下：

  
  

• 重复本篇教程的上一示例中，关于导出动画的操作流程。

  
  

• 此处同样，以 GIF 文件格式作为示例为您展示轨迹动画结果。

  
  

  
  

2.3. 以蛋白质为例导出旋转动画

• 在此处我们以 3KB0 蛋白质为例。

• 首先，我们在 PDB Id位置键入 3KB0， 并点击 Apply获取蛋白质文件。

  
  

• 渲染结果如下：

  
  

• 针对蛋白质体系，我们在 Animation选项中选择 :guilabel:`Camera Spin`（旋转相机视角）来进行动画演示

  
  

• 在 Export Animation部分，更改默认 Animate Trajectory 为 Camera Spin。

  
  

• 点击 Render按钮，使 Qbics-Molstar 实现轨迹渲染：

  
  

• 我们在此处同样选取 GIF 格式的动画，并将输出文件作为示例进行展示。

  
  

MercuryLamp

老师，请问一下是不是轨迹文件太大就无法处理了？我试着加载一个2GB左右的xtc轨迹文件（10000帧），发现失败了。但用您帖子里给的示例文件是可以正常加载的。