QM/MM计算有机分子优化结构出现Atoms too close怎么解决？

小白

大家好，小白一枚，这是我利用QM/MM计算有机分子优化结构的输入文件


提交之后，很快出现报错，提示如下错误Small interatomic distances encountered:   961  193 0.00D+00
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /data/home/hb100761/software/g16/l202.exe at Thu Sep 25 00:34:42 2025.


但是我用GaussView里面查看gif文件发现960和193是同一个原子。红色标记的是我要QM/MM计算的中心分子，蓝色标记的是960和193原子。我有尝试把包含这个原子的分子给删除，重新提交，但是依然会出现同样的问题。我第一次使用QM/MM计算有机分子优化结构，优化后的最终目是为了计算振子强度。但是一直出现距离较近的问题，请问各位大佬，该如何解决？谢谢各位大佬~




我查过方法“可以用geom=nocrowd关闭这个检查”，我就直接用“geom=nocrowd”代替gif文件里的“geom=connectivity”
# opt oniom(b3lyp/6-31G(d):uff=qeq)=embedcharge geom=nocrowd

发现无法运行程序，这块不是很理解。请问一下，怎么使用“可以用geom=nocrowd关闭这个检查”这个方法？谢谢各位大佬~

wal

你检查一下是不是坐标多复制了几份. 一个苝32原子 一层大概10个 三层加一起也就1k原子左右 而你这个gjf统计出来将近4k原子 而且明显能看到标号都是重叠的 怀疑你坐标多复制了两三份
这种情况你geom=nocrowd关掉检查属于饮鸩止渴 高斯会告诉你什么叫CPU喝大了的优化轨迹

另外这个不是正儿八经的QM/MM 混用称呼不太好 建议改为oniom(QM:MM)

小白

wal 发表于 2025-9-25 13:26
你检查一下是不是坐标多复制了几份. 一个苝32原子 一层大概10个 三层加一起也就1k原子左右 而你这个gjf统计 ...

嗯嗯，谢谢wal老师，我再试试，我也是第一次做oniom计算我再检查检查。
还有一个问题，需要请教一下，“用geom=nocrowd关闭这个检查”，意思是直接用“geom=nocrowd”代替gif文件里的“geom=connectivity”吗？

wal

小白 发表于 2025-9-25 14:33
嗯嗯，谢谢wal老师，我再试试，我也是第一次做oniom计算我再检查检查。
还有一个问题，需要请教一下 ...

如果你实在想看看把四倍数量原子挤在一坨能给优化出什么克苏鲁产物，有这几种办法
方法1：删掉geom=connectivity以及坐标后面的键连关系，写上geom=nocrowd
方法2：geom=(connectivity,nocrowd)

但我估计这个任务九成九跑不起来 会有各种各样的问题

小白

wal 发表于 2025-9-25 14:37
如果你实在想看看把四倍数量原子挤在一坨能给优化出什么克苏鲁产物，有这几种办法
方法1：删掉geom=conn ...

谢谢wal老师，发现问题了，应该是cif文件的问题，这个cif文件不是最终晶体文件，是其未精修的草稿或错误版本