martini3大分子建立盒子求助

Nakoooo

各位老师好，我想用martini3进行粗粒化，然后我有a,b,c,d四个蛋白，我一开始用packmol把它变成一个盒子，b是抗体，分子量很大。 a c d就是普通蛋白。用packmol建立的盒子放进martini3粗粒化会有问题，会一直分析不出来。 但我单独将这四个蛋白拿去martini3粗粒化又可以，但是那个二级结构ssd文件会一直覆盖，我又没办法再在martini3里把蛋白都粗粒化后再用insert molecular把它们放一块弄个box.gro。因此想问一下各位老师有什么办法，可以建立一个盒子，把粗粒化的蛋白放一块。