生物分子co-folding工具boltz-2试用心得 (2025年9月)

student0618

happy青青 发表于 2026-3-3 20:02
巧了这篇文献我昨天也看到了，但没有理解里面的核心思想

先前快速读一遍的理解如下：

1. Affinity prediction 表现理想，对和training system很不同的体系也能分辨出active和inactive的分子；
2. Affinity结果对binding pose 不敏感，就算pose很烂affinity也可以很好；
3. 因此，这affinity的物理意义成疑。

我所理解Boltz-2的pose prediction和affinity 模型是分开的，论文的质疑算是合理。

happy青青

谢谢你的分享，针对第二点 "Affinity结果对binding pose 不敏感，就算pose很烂affinity也可以很好"
这也太疑惑了吧，难道说这种打分给出的affinity不怎么参考对接的pose？这和我理解的通过判断 受体配体是否形成各种键来打分 的理念 差别很大啊。

student0618

happy青青 发表于 2026-3-9 09:57
谢谢你的分享，针对第二点 "Affinity结果对binding pose 不敏感，就算pose很烂affinity也可以很好"
这也太 ...

这篇文章的作者也有同一疑惑，

On the negative side, the affinity predictions are insensitive
to the quality of ligand poses, which often deviate significantly
from the expected ground-truth.

We could not rationally explain how Boltz-2 manages to achieve good binary
classification of binders vs nonbinders, in the absence of
statistical correlation between predicted and experimental
binding affinities, and from poor ligand poses.

这问题应该要留待Boltz-2开发者解答了。

wl00

楼主您好，我现在在测试蛋白和小分子的对接，最近了解了boltz-2，是不是boltz-2比af3要更好一些？但是我在运行的时候出现了Running structure prediction for 1 input.
Predicting DataLoader 0:   0%|          | 0/1 [00:08<?, ?it/s]^C然后任务就终止了，不知道是哪里出了问题，还望博主解答一下

student0618

wl00 发表于 2026-3-13 22:50
楼主您好，我现在在测试蛋白和小分子的对接，最近了解了boltz-2，是不是boltz-2比af3要更好一些？但是我在 ...

预测得是否比较好这点我还没仔细看较新的文章，可以找找相关测试。
个人认为boltz-2比af3优势是它的使用条款更实际，适用更多类型的项目。

这问题没更多资讯很难解答，先试试官方的example能不能跑？

wl00

官方的example也不能跑，我觉得是超算平台开的国际带宽不起作用，MSA没有连接上，本地部署MSA是怎么做的呢？我没有在git hub上找到...

crush

楼主你好，请问一下我在用Boltz2的时候，只要加上templates字段就一直报错：IndexError: list index out of range
Failed to process t1.yaml. Skipping. Error: list index out of range.  我的小分子是结合在两条链蛋白组成的口袋中。请问您能抽空帮我看一下是什么问题吗，万分感谢
我使用的命令是boltz predict t1.yaml --use_msa_server   boltz是2.2.1版本