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楼主 Author: exity
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[新手求助] 计算有机分子的LUMO HOMO的疑问

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-19 14:45:04 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2017-4-19 14:43
咱们一样弱,跟不上拍,呵呵!

不怕慢,就怕站

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发表于 Post on 2017-4-19 14:47:16 | 只看该作者 Only view this author
exity 发表于 2017-4-19 14:45
不怕慢,就怕站

嗯,有时候担心大神们没有耐心。你说的这个功能,Multiwfn一个软件就能搞定。但我现在对这个H、L分析问题还是一知半解。追你帖子,好好看看!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-19 14:50:09 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2017-4-19 14:47
嗯,有时候担心大神们没有耐心。你说的这个功能,Multiwfn一个软件就能搞定。但我现在对这个H、L分析问题 ...

我研究出了一些,有一条路已经走通了,结果发现目的地不是我要去的地方,这才是悲剧呢。你现在卡到哪一步了?我们可以讨论一下。

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发表于 Post on 2017-4-19 14:54:47 | 只看该作者 Only view this author
exity 发表于 2017-4-19 14:50
我研究出了一些,有一条路已经走通了,结果发现目的地不是我要去的地方,这才是悲剧呢。你现在卡到哪一步 ...

我的比较滞后,还在计算,计算还没有结束,但是下一步分析轨道占据情况。你现在面临的问题,估计就是我要面临的。我要做的是电荷分解分析,但同样用到L、M的结果。我现在连别人计算的结果都没有完全搞明白如何解读。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-19 14:59:00 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2017-4-19 14:54
我的比较滞后,还在计算,计算还没有结束,但是下一步分析轨道占据情况。你现在面临的问题,估计就是我要 ...

好的, keep in touch

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发表于 Post on 2017-4-19 21:49:36 | 只看该作者 Only view this author
exity 发表于 2017-4-19 13:52
SOB老师,我还有一个问题想请教。

应该怎么计算有机分子中各个原子在LUMO HOMO下的原子轨道?

如果你要轨道系数,pop=full直接就输出了
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发表于 Post on 2017-4-19 21:51:17 | 只看该作者 Only view this author
exity 发表于 2017-4-19 11:21
Orbital    57 is HOMO, energy:   -0.250066 a.u.   -6.804646 eV
Orbital    58 is LUMO, energy:   - ...

把我提供的tcl脚本里的%1i改为%1i%a
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发表于 Post on 2017-4-20 03:25:51 | 只看该作者 Only view this author
sob大神不但学问深,还有极好的耐心,令人尊敬!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-23 20:03:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-19 21:49
如果你要轨道系数,pop=full直接就输出了

SOB老师,请问计算静电势时必须使用弥散函数吗?
比如我用b3lyp/6-311g(d,p)或b3lyp/6-311g**(d,p)会对我最终结果有影响吗?

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发表于 Post on 2017-4-24 05:56:50 | 只看该作者 Only view this author
exity 发表于 2017-4-23 20:03
SOB老师,请问计算静电势时必须使用弥散函数吗?
比如我用b3lyp/6-311g(d,p)或b3lyp/6-311g**(d,p)会对 ...

6-311g**(d,p)没有这种写法
给氢加弥散没用,6-311+G**比6-311G**对静电势的描述会略有改善,但还不如用def2-TZVP
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-25 16:55:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 exity 于 2017-4-25 17:00 编辑
sobereva 发表于 2017-4-24 05:56
6-311g**(d,p)没有这种写法
给氢加弥散没用,6-311+G**比6-311G**对静电势的描述会略有改善,但还不如用 ...

谢谢您,SOB大神。我还有4个问题,请您指导一下。
Q1:在你的文章“使用multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点,分析分子间相互作用”中第3节 分子表面的静电势分析实例,中有提到“通常B3LYP/6-31G**级别的波函数已经能很好地重现分子表面的静电势分布了”,这里您推荐的是def2-TZVP,请问我应该怎么取舍?
Q2:计算羟基自由基的时候,在GV里画了一个水分子后删除了一个氢,然后在输出文件中把电荷改为0,自旋多重度改为2,请问这样设置对不对?
Q3:用# opt freq b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(solvent=water) pop=full这样的关键词计算后,根据您的文章输出了静电势的彩色图,发现我的分子中氮原子附近的静电势是正的,可是在Murray, J.S. and Politzer, P. (2002) Encyclopedia of Computational Chemistry, John Wiley & Sons, Ltd.这篇综述中,不是说Vmin会出现在O,N,F,S...等原子附近吗?请问这要怎么理解文献和实际计算结构的差异?

Q4:请问能否实现这样一种计算: 固定两个分子之间的距离,例如5A左右,以此情况模拟分子在靠近后在各自的电场影响下本来的ESP发生了什么变化?
问题比较多,麻烦您了。

最后有一个小问题啊,真心没有冒犯您的意思,我知道你英语一定非常非常好的,可您不觉得SOB这个名字缩写有点怪怪的吗?还是和“I am a bit*h”有异曲同工之妙?这个问题可以不用理会。/抱拳 /抱拳


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发表于 Post on 2017-4-25 17:33:40 | 只看该作者 Only view this author
exity 发表于 2017-4-25 16:55
谢谢您,SOB大神。我还有4个问题,请您指导一下。
Q1:在你的文章“使用multiwfn的定量分子表面分析功能 ...

1 def2-TZVP定量精度更高,6-31G**足够保证定性正确
2 对
3 不能一概而论。跟具体所处的化学环境有关。你图中5N、7N都是正常情况,而8N、9N这种成键方式极为特殊
4 用Multiwfn对二聚体的静电势和单体的静电势求差,如同作密度差图。

完全不怪。能错误理解的人脑回路过于特殊
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-26 06:12:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-25 17:33
1 def2-TZVP定量精度更高,6-31G**足够保证定性正确
2 对
3 不能一概而论。跟具体所处的化学环境有关。 ...

未暴走初号机的意思?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-26 06:23:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 exity 于 2017-4-26 06:25 编辑
sobereva 发表于 2017-4-25 17:33
1 def2-TZVP定量精度更高,6-31G**足够保证定性正确
2 对
3 不能一概而论。跟具体所处的化学环境有关。 ...

老师啊,8N 9N就是碳上面接的氨基,这个特殊在什么地方呢?能不能细说一下。事实上,我还有几种化合物和这个结构非常接近,就是这个8N9N上还接着一个碳链(是一种除草剂,阿特拉津),我算出的那个ESP也是这样的,下面两个氮是正的。可我实际实验结果羟基自由基(亲电试剂),进攻的就是这两个氮上的碳链,后发生断键形成上个贴子中这样的产物,请问这算是计算结果和实际结果冲突了吗?是需要改进或换一种算法还是ESP这个解释工具只能弃之不用?另外我用fukui函数倒是能解释实验结果,这时计算结果和实验实际又符合了。很苦恼啊。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-28 09:02:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-25 17:33
1 def2-TZVP定量精度更高,6-31G**足够保证定性正确
2 对
3 不能一概而论。跟具体所处的化学环境有关。 ...

大侠,我错了,我不该调侃你的,不该在这样一个严肃论坛里用戏谑的话,请您高抬贵手帮帮我吧。保证以后不再犯了。

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