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[Sobtop] 关于sobtop软件生产氨基酸衍生物类小分子拓扑文件的问题

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楼主
各位老师好!学生在此想请教一个关于分子模拟拓扑文件构建的问题:有一个氨基酸衍生物类小分子配体,该配体的结构中,除了常规氨基酸片段外,还包含若干非标准型残基。想咨询的是,这类含有非标准残基的氨基酸衍生物配体,是否可以通过Sobtop软件生成对应的拓扑文件?如果可以,在构建过程中,是否需要先将配体中的非标准残基部分单独拆分出来、单独构建其拓扑参数后再与氨基酸片段组合?还是说可以直接以整个配体为整体,通过Sobtop一次性完成拓扑文件的生成?谢谢。小分子已上传附件

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小分子

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发表于 Post on 2025-10-2 06:21:42 | 只看该作者 Only view this author
可以直接产生,当做普通有机分子处理就完了,除非你要作为非标准残基用于蛋白质模拟
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-2 11:53:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-2 06:21
可以直接产生,当做普通有机分子处理就完了,除非你要作为非标准残基用于蛋白质模拟

谢谢,sob老师

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