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[综合交流] 求助OpenBabel通过Python接口批量生成多肽分子

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楼主
各位老师好,小白现在遇到一个问题,我现在有大量的氨基酸序列用来生成多肽,工作量大,查看文献得知,可以通过借助OpenBabel+Python的方法快速批量生成pdb文件,再用来对接。我已经看了sobereva老师的关于《基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法》http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 10824&fromuid=84202,但我对于这方面的知识知之甚少,对于这篇帖子也借鉴的很少。已经在网上找了很长时间了,但没有相关的指导,望有老师及大佬指教,谢谢了!



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发表于 Post on 2025-10-9 20:17:59 | 只看该作者 Only view this author
多肽的话其实用Ambertools的tleap更简单。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-10 09:28:41 | 只看该作者 Only view this author
这个也需要用到python吗?我对这方面实在是不怎么了解

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发表于 Post on 2025-10-10 10:22:14 | 只看该作者 Only view this author
见sob老师这篇博文第5节http://sobereva.com/687
批量生成的话个人认为leap近简单,当然其他也可以。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2025-10-10 10:50:12 | 只看该作者 Only view this author
仔细看“AmberTools中的leap”部分
几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
http://sobereva.com/687http://bbs.keinsci.com/thread-40331-1-1.html
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-10 14:56:23 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢。有不懂的地方可能还要请教。

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