谈谈赝势基组的选用

邢芳源

邢芳源 发表于 2026-7-2 20:59
老师 我是用MCPB方法来处理这个金属离子的，然后我的这个.in文件内容是这样的
# 指定拼装好的复合物文件 ...

还有就是我的高斯提交任务是这样的
#!/bin/bash

# ================= 配置区域 =================
# 当前体系的统一前缀名称
MOL_NAME="1ED8_complex"

# --- Gaussian 16 环境配置 (沿用你的服务器绝对路径) ---
export g16root="/mnt/Molecular_Dynamics/20250523_Molecular_Dynamics/software"

# 加载高斯环境配置文件
if [ -f "$g16root/g16/bsd/g16.profile" ]; then
    source "$g16root/g16/bsd/g16.profile"
fi

# 指定 g16 的绝对路径命令
G16_CMD="$g16root/g16/g16"
# ===========================================

echo "========================================"
echo "开始处理 1ED8 酶催化中心体系: $MOL_NAME"
echo "使用高斯程序: $G16_CMD"
echo "========================================"

# --- 1. 运行小体系几何优化任务 (Small Opt) ---
echo "[1/3] 正在运行小体系几何优化 (Small Opt)..."
if [ -f "${MOL_NAME}_small_opt.com" ]; then
    $G16_CMD < ${MOL_NAME}_small_opt.com > ${MOL_NAME}_small_opt.log
   
    # 检查是否正常结束
    if grep -q "Normal termination" ${MOL_NAME}_small_opt.log; then
        echo "  -> Opt 几何优化成功！"
        echo "  -> 正在转换 small_opt.chk 为 fchk 格式..."
        formchk ${MOL_NAME}_small_opt.chk ${MOL_NAME}_small_opt.fchk
    else
        echo "  -> 错误：Opt 计算失败，请查看 ${MOL_NAME}_small_opt.log"
        exit 1
    fi
else
    echo "  -> 错误：找不到 ${MOL_NAME}_small_opt.com 文件！无法进行后续计算。"
    exit 1
fi

# --- 2. 运行小体系力常数/频率计算 (Small FC) ---
echo "[2/3] 正在运行力常数与频率计算 (Small FC)..."
# 该步骤会自动读取并依赖上一步生成的 ${MOL_NAME}_small_opt.chk
if [ -f "${MOL_NAME}_small_fc.com" ]; then
    $G16_CMD < ${MOL_NAME}_small_fc.com > ${MOL_NAME}_small_fc.log
   
    if grep -q "Normal termination" ${MOL_NAME}_small_fc.log; then
        echo "  -> FC 频率计算成功！"
        echo "  -> 正在转换 small_fc.chk 为 fchk 格式..."
        formchk ${MOL_NAME}_small_fc.chk ${MOL_NAME}_small_fc.fchk
    else
        echo "  -> 错误：FC 计算失败，请查看 ${MOL_NAME}_small_fc.log"
        exit 1
    fi
else
    echo "  -> 错误：找不到 ${MOL_NAME}_small_fc.com 文件！"
    exit 1
fi

# --- 3. 运行 Merz-Kollman 电荷拟合计算 (Large MK) ---
echo "[3/3] 正在运行大体系电荷计算 (Large MK)..."
if [ -f "${MOL_NAME}_large_mk.com" ]; then
    $G16_CMD < ${MOL_NAME}_large_mk.com > ${MOL_NAME}_large_mk.log
   
    if grep -q "Normal termination" ${MOL_NAME}_large_mk.log; then
        echo "  -> MK 电荷计算成功！"
        echo "  -> 正在转换 large_mk.chk 为 fchk 格式..."
        formchk ${MOL_NAME}_large_mk.chk ${MOL_NAME}_large_mk.fchk
    else
        echo "  -> 错误：MK 计算失败，请查看 ${MOL_NAME}_large_mk.log"
        exit 1
    fi
else
    echo "  -> 错误：找不到 ${MOL_NAME}_large_mk.com 文件！"
    exit 1
fi

echo "========================================"
echo "&#127881; 祝贺！所有高斯 QM 任务已圆满完成！"
echo "请检查生成的 .log 和 .fchk 文件，准备进入 MCPB.py Step 2！"
echo "========================================"
这里应该不会有什么问题吧，感觉可能就出是三个.com文件上

邢芳源

邢芳源 发表于 2026-7-2 21:54
还有就是我的高斯提交任务是这样的
#!/bin/bash

所以我也想问sob 老师，我的高斯计算一直不收敛，是不是因为我的
opt,fc和mk.com文件的中这一行设置的问题，
# B3LYP/6-31G* Integral=(Grid=UltraFine) Opt SCF=(XQC,MaxCycle=512)
有看到你写的用SCF=XQC和我后面直接加的迭代轮次写到了512次就是没什么意义的迭代了呢，所以这个任务跑的时间长，现在的原因就是它在做一些无用功，最后如果真的迭代成功，也是没什么用的嘛