gro文件扩胞的小脚本

slxc920113

最近做一些纤维结构的分子动力学模拟，用packmol创建的结构不太满意，而且耗时太长。于是用了二种策略，第一种是直接计算聚合物链段的转动惯量，然后让主轴对齐盒子的Z轴，指定中心位置直接用程序生成，但是这样的结构又不够随机。于是又想了一个办法，先用gmx insert-molecules 先随机创建一个狭长的盒子插入线性的聚合物链，盒子的x和y方向尽量小，try次数足够多，就可以随机创建一个比较满意的单链模型，然后再在x和y方向进行扩胞。于是就写了这么一个简单的小脚本。



使用方法：

1. # 基本用法：2x2x2扩胞
   
2. python supercell.py input.gro -nx 2 -ny 2 -nz 2
   
3. 
   
4. # 指定输出文件名
   
5. python supercell.py input.gro -nx 3 -ny 1 -nz 2 -o output.gro
   
6. 
   
7. # 只在z方向扩胞
   
8. python supercell.py input.gro -nz 4

复制代码

1. GROMACS GRO文件错位扩胞工具
   
2. 
   
3. positional arguments:
   
4.   input_file            输入的GRO文件
   
5. 
   
6. optional arguments:
   
7.   -h, --help            show this help message and exit
   
8.   -nx NX                x方向扩胞倍数 (默认: 1)
   
9.   -ny NY                y方向扩胞倍数 (默认: 1)
   
10.   -nz NZ                z方向扩胞倍数 (默认: 1)
    
11.   --x-stagger-y X_STAGGER_Y
    
12.                         沿x方向扩胞时，每层在y方向的偏移量 (nm)
    
13.   --x-stagger-z X_STAGGER_Z
    
14.                         沿x方向扩胞时，每层在z方向的偏移量 (nm)
    
15.   --y-stagger-x Y_STAGGER_X
    
16.                         沿y方向扩胞时，每层在x方向的偏移量 (nm)
    
17.   --y-stagger-z Y_STAGGER_Z
    
18.                         沿y方向扩胞时，每层在z方向的偏移量 (nm)
    
19.   --z-stagger-x Z_STAGGER_X
    
20.                         沿z方向扩胞时，每层在x方向的偏移量 (nm)
    
21.   --z-stagger-y Z_STAGGER_Y
    
22.                         沿z方向扩胞时，每层在y方向的偏移量 (nm)
    
23.   -o OUTPUT, --output OUTPUT
    
24.                         输出文件名 (默认: 自动生成)
    

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2025-10-14 14:09 上传 Uploaded

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student0618

gmx genconf 也有类似的功能
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-genconf.html

e.g. editconf 定盒子大小及对齐polymer 轴及x/y/z轴，genconf扩胞。

slxc920113

student0618 发表于 2025-10-14 13:30
gmx genconf 也有类似的功能
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-genconf.html

我知道，但是我需要扩胞的同时沿着两外两个矢量进行平移，形成密堆积的结构，所以最后还是自己写脚本完成了。