如何计算li离子和tfsi离子，锂离子和聚合物分子的质心分布径向函数

huangzi

老师们，目前我想计算li离子和tfsi离子，锂离子和聚合物分子的质心分布径向函数，我把我体系所有的锂离子建了一个索引文件，之后又将体系中所有tfsi离子创建了一个索引文件，但该索引文件包含了174个tfsi离子的所有原子，我就直接计算了，这样子的话我不确定体系能不能识别特定的几个原子为一个分子从而识别质心，还是需要再计算一下质心呀？希望老师们解答一下。谢谢老师们

student0618

见 gmx rdf 文档 (https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-rdf.html)

huangzi

student0618 发表于 2025-10-15 18:49
见 gmx rdf 文档 (https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-rdf.html)

老师，我最后计算的命令是这样的gmx rdf -f li.xtc -s li.tpr -ref 'group li' -sel 'group pcpeo' -seltype mol_com -n li_peo.ndx，这样做正确吗？，我直接将我体系中所有li和聚合物的原子建立了一个索引文件，我看有说sel  'group pcpeo'  时，程序会对该组内的分子进行筛选，我理解成会将我索引文件中的原子按顺序和数目识别成一个个分子,这样可以吗