有关gromacs做RMSD分析时突然跳跃的问题

username · 发表于 Post on 2025-10-26 18:19:40

各位老师，我跑完md做rmsd分析，发现我的轨迹已经做过轨迹矫正处理，并且消除了平动能、转动能，但是为什么做出来的RMSD是这样的？以下我的命令：gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100.xtc -o md_0_100_center.xtc -center -pbc mol -ur compact gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100_center.xtc -o md_0_100_fit.xtc -fit rot+trans。请问老师问题可能在哪里？还有我发现跑完MD，小分子配体已经远离蛋白质结合位点，第一张图是小分子与蛋白质的距离图。请问这个和rmsd突然出现跳跃有没有关系？

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-26 18:23:14

先试试用pbc cluster处理，很明显还是pbc没处理好
可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html

username · 发表于 Post on 2025-10-26 18:24:28

student0618 发表于 2025-10-26 18:23
先试试用pbc cluster处理，很明显还是pbc没处理好
可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.ht ...

好的，谢谢老师，我先试一下

username · 发表于 Post on 2025-10-26 18:47:13

student0618 发表于 2025-10-26 18:23
先试试用pbc cluster处理，很明显还是pbc没处理好
可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.ht ...

老师，好像还是这样，还有其他办法吗？MD需不需要重跑？

username · 发表于 Post on 2025-10-26 18:48:20

student0618 发表于 2025-10-26 18:23
先试试用pbc cluster处理，很明显还是pbc没处理好
可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.ht ...

我看了一下nvt.gro，这个时候小分子已经脱离蛋白质的结合位点了，这个要紧吗？

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-26 22:23:06

看轨迹，它是跑出去后下一帧跑回去的话显然是pbc问题没处理好，要排查请提供完整使用的trjconv -pbc cluster的命令。

如果是真的慢慢跑开，检查跑开前有相互作用的残基，也再确认一下初始结构是否合理(如质子化是否正确等)

username · 发表于 Post on 2025-10-26 23:32:30

student0618 发表于 2025-10-26 22:23
看轨迹，它是跑出去后下一帧跑回去的话显然是pbc问题没处理好，要排查请提供完整使用的trjconv -pbc cluste ...

老师，我用的是这个命令：gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster -center

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-26 23:48:07

本帖最后由 student0618 于 2025-10-26 23:51 编辑

username 发表于 2025-10-26 23:32
老师，我用的是这个命令：gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100.xtc -o md_cluster.xtc -pbc cluster ...

选了什么组？应该用蛋白+小分子的组cluster
没有这组就要make_ndx 先生成蛋白-小分子组的index.ndx，trjconv用 -n index.ndx 选那组cluster。

username · 发表于 Post on 2025-10-27 00:01:46

student0618 发表于 2025-10-26 23:48
选了什么组？应该用蛋白+小分子的组cluster
没有这组就要make_ndx 先生成蛋白-小分子组的index.ndx，trj ...

选的是20 20 0 ，20就是蛋白质和小分子组的，0是System

username · 发表于 Post on 2025-10-27 00:03:44

student0618 发表于 2025-10-26 23:48
选了什么组？应该用蛋白+小分子的组cluster
没有这组就要make_ndx 先生成蛋白-小分子组的index.ndx，trj ...

老师，我确实是先make_ndx建立蛋白质和小分子组的。
老师救命啊，还有救吗？

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-27 00:14:06

username 发表于 2025-10-27 00:03
老师，我确实是先make_ndx建立蛋白质和小分子组的。
老师救命啊，还有救吗？

先去掉命令中的-center试试

username · 发表于 Post on 2025-10-27 00:18:44

student0618 发表于 2025-10-27 00:14
先去掉命令中的-center试试

好的，老师，我先试试

username · 发表于 Post on 2025-10-27 01:02:35

student0618 发表于 2025-10-27 00:14
先去掉命令中的-center试试

老师，我试了，还是不行

sobereva · 发表于 Post on 2025-10-27 03:10:11

VMD里认真从头到尾看轨迹，尤其是突越的地方，且明确显示出来盒子边框，先搞清楚发生了什么、分子是怎么在模拟过程中跨盒子的。并且真正搞清楚trjconv的-center、-pbc cluster、-pbc mol都是什么含义以及怎么正确使用（北京科音分子动力学与GROMACS培训班http://www.keinsci.com/KGMX里面“GROMACS的使用基础”部分我极其详细讲了）。具备了这样的前提知识和信息，不可能自己解决不了，比这里来来回回问、等别人回复效率高多了。别人看不到你的具体轨迹动画（且你都不给出体系结构图），只能半盲猜着回答，再加上你的描述可能又不够具体、遗漏重要信息，或者因为你理解不到位没恰当按对方说的做，很难在论坛里靠问答高效、准确地解决这种老生常谈的最适合自己在屏幕前根据实际情况解决的问题。

username · 发表于 Post on 2025-10-27 08:15:14

sobereva 发表于 2025-10-27 03:10
VMD里认真从头到尾看轨迹，尤其是突越的地方，且明确显示出来盒子边框，先搞清楚发生了什么、分子是怎么在 ...

好的，谢谢sob老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 有关gromacs做RMSD分析时突然跳跃的问题

浏览过的版块