求助：SMD不同拉动速度导出的力曲线差距很大有哪些原因

MGRACE · 发表于 Post on 2025-10-26 22:52:58

老师们好，想要通过伞状采样计算蛋白从膜表面拉离过程中的PMF曲线并计算结合能，pull设置为K=1500，速度分别设定v=0.005nm/ps和v=0.001nm/ps，在不同速度下拉动了7nm左右，但是导出的力曲线差别很大，不知道哪里出了问题，还请各位老师指教

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-26 23:13:40

本帖最后由 student0618 于 2025-10-26 23:16 编辑

看轨迹那些不同的时间点有什么分别。

这未必是一个问题，具体要看轨迹。想要采样的部分都sample到，可以提供足够的窗口。

MGRACE · 发表于 Post on 2025-10-27 16:34:20

本帖最后由 MGRACE 于 2025-10-27 16:36 编辑

student0618 发表于 2025-10-26 23:13
看轨迹那些不同的时间点有什么分别。

这未必是一个问题，具体要看轨迹。想要采样的部分都sample到，可以 ...

您好，安装您的建议查看了轨迹，发现不同速率拉动下的蛋白质朝向不同，并且以0.001nm/ps拉动的蛋白有部分跨过了盒子，不知道会不会是这个原因?不同朝向对蛋白进行质心限制的情况下进行伞状采样只要时间充分应该不会对pmf造成很大影响吧

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-27 17:08:20

朝向不同的话可能需要解释为何选这个朝向而非另一个，看体系及采样时间很可能无法拿一个朝向的采样到另一个朝向的。

跨了盒子这点，一定程度上也代表了很可能需要更大的盒子。不然采样时很可能会遇到关于距离大于边长一半以上的报错、或是蛋白和periodic image的膜有相互作用。

MGRACE · 发表于 Post on 2025-10-27 18:19:56

student0618 发表于 2025-10-27 17:08
朝向不同的话可能需要解释为何选这个朝向而非另一个，看体系及采样时间很可能无法拿一个朝向的采样到另一个 ...

好的，感谢您的回复

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