蛋白DNA体系中5'端3'端的选择求助

木月十七岁 · 发表于 Post on 2025-10-28 14:44:24

老师好，我在进行蛋白-DNA-配体体系gromacs分子动力学模拟时遇到了一些问题，描述如下：先类似蛋白配体体系的模拟，将配体单独拎出来，使用gmx处理蛋白核酸体系。参考力场选择charmm36，水选择tip3p。建模命令为x -f input.pdb -o output.gro -p topol.top -ter 蛋白的两端分别为NH3+和COO-（这块没有错误），核酸的选择和报错如下图，谢谢各位老师和同行解答

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-28 17:15:48

见http://bbs.keinsci.com/thread-34465-1-1.html二楼

木月十七岁 · 发表于 Post on 2025-10-29 14:50:45

student0618 发表于 2025-10-28 17:15
见http://bbs.keinsci.com/thread-34465-1-1.html二楼

太感谢您了，昨天我也是翻看教材的时候发现了这一页解决了

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[GROMACS] 蛋白DNA体系中5'端3'端的选择求助

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