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[GROMACS] 求助蛋白核酸配体体系建模加完水以后出现了问题

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本帖最后由 木月十七岁 于 2025-10-29 16:00 编辑

各位老师好,我在进行蛋白-DNA-配体体系gromacs分子动力学模拟时,参考蛋白配体的建模,将蛋白和DNA使用gmx建模,力场和水分别为charmm36和tip3p,配体单独使用sobtop建模,使用gaff力场。第一步命令为gmx pdb2gmx -f input.pdb -o output .gro -p topol.top -ter ,其中蛋白两端分别为NH3+和COO-,核酸两端分别为5PHO和3TER,这一步成功输出。然后我就合并蛋白核酸和配体的gro文件还有在配体的itp文件加一些指令(参考教程中的蛋白配体动力学)。体系加完水以后,使用gmx grompp命令时出现下面这个错误,这是为什么会出现这个问题呀。

屏幕截图 2025-10-29 145100.png (97.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

屏幕截图 2025-10-29 145100.png

C1.zip

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动力学模拟的文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-29 15:26:54 | 只看该作者 Only view this author
补充:刚刚我进行了不含有配体的模拟,只有蛋白和核酸体系,在进行到这一步时,仍然有问题。

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发表于 Post on 2025-10-29 15:50:22 | 只看该作者 Only view this author
CHARMM力场和GAFF不兼容,不能混用。

用 GAFF/GAFF2小分子就配合AmberFF14SB或FF19SB蛋白、Amber系列的DNA力场例如OL21 (http://bbs.keinsci.com/thread-54094-1-1.html)/(http://bbs.keinsci.com/thread-53565-1-1.html)。

用CHARMM36或CHARMM36m蛋白/核酸就配合CGenFF小分子。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-29 15:52:34 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-10-29 15:50
CHARMM力场和GAFF不兼容,不能混用。

用 GAFF/GAFF2小分子就配合AmberFF14SB或FF19SB蛋白、Amber系列的D ...

您好您好,我刚才进行了单独的蛋白核酸体系的模拟,没有配体的,只用了charmm36力场,还是报上面的错误

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发表于 Post on 2025-10-29 15:56:13 | 只看该作者 Only view this author
木月十七岁 发表于 2025-10-29 15:52
您好您好,我刚才进行了单独的蛋白核酸体系的模拟,没有配体的,只用了charmm36力场,还是报上面的错误

没提供拓朴无法判断,只能猜测混合了include不同的力场。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-29 16:00:52 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-10-29 15:56
没提供拓朴无法判断,只能猜测混合了include不同的力场。

您好,已更新动力学模拟文件

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发表于 Post on 2025-10-29 18:41:32 | 只看该作者 Only view this author
我用 charmm36-jul2022.ff 测试了你的文件,使用的命令和一楼图中所示相同,没有遇到问题。

敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-29 20:17:34 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-10-29 18:41
我用 charmm36-jul2022.ff 测试了你的文件,使用的命令和一楼图中所示相同,没有遇到问题。

老师你好,你觉得会不会是gmx版本的问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-29 20:18:41 | 只看该作者 Only view this author
木月十七岁 发表于 2025-10-29 20:17
老师你好,你觉得会不会是gmx版本的问题

我的是2024.6

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发表于 Post on 2025-10-30 09:03:34 | 只看该作者 Only view this author
木月十七岁 发表于 2025-10-29 15:26
补充:刚刚我进行了不含有配体的模拟,只有蛋白和核酸体系,在进行到这一步时,仍然有问题。

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-30 13:19:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-30 09:03
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎, ...

好的老师我记住了

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发表于 Post on 2025-10-31 20:42:46 | 只看该作者 Only view this author
木月十七岁 发表于 2025-10-29 20:17
老师你好,你觉得会不会是gmx版本的问题

我不知道你用的charmm36.ff是哪个,先试试换最新的力场包(我测试用的charmm36-jul2022.ff 可以在 https://mackerell.umaryland.edu/ ... mm36-jul2022.ff.tgz 下载)
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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