计算聚合物内聚能密度（CED）求助

pyrose

我在使用gmx计算聚合物体系的内聚能密度时，需要提取出所有的分子间作用能，目前想法是这样：1.分组（1-10）计算能量 2. 用总非键能-11非键、22非键....1010非键
以附件中的xvg为例， 内聚能= 总Potential - (Bond+Angle+Proper Dih.+Per. Imp. Dih.+LJ-14+Coulomb-14 + 11~1010非键)

在计算时，如果有分子链很长， 跨了若干个盒子（如图所示），那其实左盒子的组号为1的链除了和自己产生非键作用（橙色箭头），还会和中间、右边盒子组号为1的链产生非常多的非键作用（绿色箭头）。我想知道使用分组计算出的11非键、22非键....1010非键，是否包括绿色箭头所示的作用力。如果包括的话，那我计算出的内聚能是不是会偏小，那是不是干脆不分组，直接把所有的非14作用的非键当做内聚能会不会更准确。

如果我这种方法不够合理，有更加合理的方法吗？