AIMD后处理时，对于cp2k的CUBE文件是否自动考虑周期性；以及AIMD电荷分析

粉川桜雪

Sobereva老师您好，我在使用multiwfn的过程中产生了以下疑问：

我正在利用multiwfn对cp2k的AIMD产生的cube文件进行后处理，计算AIM电荷。我的体系分为水层和催化剂层，在AIMD过程中，两层发生了相对漂移，虽然由于平移周期性，体系的本质不变，但是在Multiwfn的AIM电荷可视化图中，电荷被标在了“看上去没有原子”的部分，请问实际上对结果有影响吗？

我还想请教下如何分析AIMD过程中的电荷分布，我采取的方法是隔30fs输出一次cube文件，对吸附位点的原子计算aim电荷，并取平均。
请问这样处理合理吗？有没有更推荐的处理方法呢？

谢谢您！

sobereva

“AIM电荷可视化图”语义不明。
强烈不推荐用AIM电荷。下文明确说了其缺点
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）
《原子电荷计算方法的对比》（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml）

对AIMD过程的电荷变化，粗略考察用Mulliken电荷就完了，要更严格的描述用下文说的其它方法，但更贵
使用Multiwfn对周期性体系计算Hirshfeld(-I)、CM5和MBIS原子电荷
http://sobereva.com/712（http://bbs.keinsci.com/thread-46269-1-1.html）