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[GROMACS] 求助:x2top生成54a7力场的top文件失效

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楼主
各位老师同学好。我现在使用gromacs 2024.6对夹在石墨烯中的狭缝水进行模拟计算,现在使用VMD已经建立好周期性10*10的石墨烯板,基本思路同社长的培训班章节:“纳米水滴在石墨烯板的扩散”一致,想先构建周期石墨烯的itp再把水合并进去。但是在使用命令 gmx x2top -f .gro -o .top -ff select -name ~~这一步出现问题,提示为Fatal error: No or incorrect atomname2type.n2t found (looking for gromos54a7.ff) 请问老师是哪里出现问题呢?随问题附上自己在别的top中修改的呢n2t文件,谢谢!

atomname2type.n2t

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发表于 Post on 2025-11-1 05:39:46 | 只看该作者 Only view this author
8成是这个文件没放对地方,导致x2top找不到
另外更推荐sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件,比x2top强大灵活得多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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