求助使用gromacs进入寡糖和糖苷酶的复合场模拟，在能量最小化时候体系会爆炸

王宝金

我想使用gromacs进行复合场的模拟（寡糖配体glycam力场，糖苷酶amberff99sb力场），我首先先使用了glycam-web生成了我的寡糖能量最小化分子的parm7和rest7文件，然后使用ambertools去除了两个文件中的tip3p水和离子，并使用autodock vina对接后的配体文件坐标替换parm7和rst7原始坐标文件，然后使用acpype转化成gro和topol文件
请问:后续在能量最小化时候体系会爆炸，无法完成nvt平衡，那该怎么样进行复合场的模拟，求指导是不是的的思路全错了

student0618

检查转换及合并后的拓朴、座标文件原子序号是否正确。

VMD检查合并后有没有原子重叠。

能量最小化和平衡并不是同一步，究竟是那步崩溃？

没有实际输入输出文件或实际用过的指令无法解答。

王宝金

student0618 发表于 2025-11-5 18:24
检查转换及合并后的拓朴、座标文件原子序号是否正确。

VMD检查合并后有没有原子重叠。

  gmx mdrun -v -deffnm nvt

Reading file nvt.tpr, VERSION 2020.6-MODIFIED (single precision)
Changing nstlist from 10 to 80, rlist from 1.001 to 1.147

1 GPU selected for this run.
Mapping of GPU IDs to the 2 GPU tasks in the 1 rank on this node:
  PP:0,PME:0
PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged interactions on the GPU
PP task will update and constrain coordinates on the CPU
PME tasks will do all aspects on the GPU
Using 1 MPI thread
Using 12 OpenMP threads


Non-default thread affinity set probably by the OpenMP library,
disabling internal thread affinity
starting mdrun 'Protein in water'
50000 steps,    100.0 ps.

Step 0, time 0 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 4012.251221, max 261857.984375 (between atoms 8952 and 8953)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   8890   8891   90.0    0.1090   0.3030      0.1090
   8900   8903   90.0    0.1090   0.3050      0.1090
   8913   8914   56.4    0.1090   0.1090      0.1090
   8918   8919   67.0    0.1090   0.1090      0.1090
   8922   8923   33.7    0.0960   0.0960      0.0960
   8924   8925   90.0    0.1090   1.2371      0.1090
   8933   8934  170.6    0.1090  42.3432      0.1090
   8935   8936   56.7    0.1090  38.7208      0.1090
   8937   8938   90.0    0.1090   0.2064      0.1090
   8939   8940   90.0    0.1090   5.6032      0.1090
   8939   8941   81.0    0.1090   6.9713      0.1090
   8939   8942   90.0    0.1090   4.6769      0.1090
   8952   8953   35.8    0.1090 28542.6289      0.1090
   8959   8960   43.6    0.1090   0.1090      0.1090
   8963   8964   90.0    0.1090   0.1909      0.1090
   8965   8966   55.6    0.0960   0.0960      0.0960
   8968   8969   31.1    0.1090  18.3900      0.1090
   8972   8973   90.0    0.1090   0.7382      0.1090
   8974   8975   90.0    0.1090   0.1619      0.1090
   8976   8977  135.4    0.1090  75.8789      0.1090
   8978   8979   90.0    0.1090   0.1760      0.1090
   8991   8992   90.0    0.1090   0.1090      0.1090
   8996   8997  150.9    0.1090 135.5157      0.1090
   8998   8999  113.3    0.0960  93.9556      0.0960
   9000   9001  109.0    0.1090  97.1642      0.1090
   9004   9005   90.0    0.1090   0.1850      0.1090
Wrote pdb files with previous and current coordinates
step 0
WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 8915 and 8919
at distance 5.905 which is larger than the table limit 2.147 nm.

This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside
a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation.
Since interactions at distances beyond the table cannot be computed,
they are skipped until they are inside the table limit again. You will
only see this message once, even if it occurs for several interactions.

IMPORTANT: This should not happen in a stable simulation, so there is
probably something wrong with your system. Only change the table-extension
distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.



Step 1, time 0.002 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 54623.601562, max 3579114.250000 (between atoms 9004 and 9005)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   2008   2010   90.0    0.1010   0.1428      0.1010
   5227   5228   53.7    0.1090   0.1090      0.1090
   8890   8891   55.5    0.3030   0.1090      0.1090
   8894   8895   31.3    0.1090   0.1090      0.1090
   8898   8899   36.7    0.1090   0.1090      0.1090
   8900   8901   57.3    0.1086   0.1117      0.1090
   8900   8902   90.0    0.1090   0.2145      0.1090
   8900   8903   90.0    0.3050   0.3796      0.1090
   8913   8914  124.0    0.1090  51.1628      0.1090
   8918   8919   43.1    0.1090   0.1090      0.1090
   8920   8921   76.6    0.1090  52.5909      0.1090
   8924   8925   36.1    1.2371   0.1090      0.1090
   8929   8930   34.4    0.1090   0.1090      0.1090
   8937   8938  139.4    0.2064 446.8499      0.1090
   8939   8940  105.9    5.6032   9.4713      0.1090
   8939   8941   93.7    6.9713  10.2294      0.1090
   8939   8942   90.0    4.6769   5.9409      0.1090
   8959   8960   90.0    0.1090   0.3205      0.1090
   8963   8964   63.5    0.1909 197.3380      0.1090
   8965   8966   42.2    0.0960   0.0960      0.0960
   8970   8971   90.0    0.1090   0.2836      0.1090
   8972   8973  121.8    0.7382 1920.6566      0.1090
   8974   8975   90.0    0.1619   5.4523      0.1090
   8978   8979   61.7    0.1760   0.1090      0.1090
   8991   8992   90.0    0.1090   0.2661      0.1090
   9002   9003   31.5    0.0960   0.0960      0.0960
   9004   9005  123.4    0.1850 390123.5625      0.1090

step 1: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
就是在nvt模拟时会出现结构错误，出现极端不合理的键长，实在是很抱歉，我没有完成过这种复合场的模拟，所以不太知道应该去怎么让两种力场以各自偏好性的原子书写方法兼容，为了保证后续模拟添加一个配体，我将左边的标号的糖名字都改成了连续的编号和统一的名字，但不知道我这么做是不是正确的

sobereva

参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查和解决