求助分子对接，批量对接和单对接结果差异比较大

Rick000000

使用过程如下：
批量对接是One-Step Protein Preparation处理蛋白，LigPrep模块处理配体（原配体不处理，完全参考链接提供的步骤），如何xgilide批量交叉对接。
单对接是Protein Preparation Wizard处理蛋白，LigPrep模块处理配体，Receptor Grid Gener生成对接盒子，Ligand docking完成对接。
我发现批量对接，原配体自对接自身受体蛋白，得分和单配体的差异有一点大，主要体现在XP上，SP也也有一点，化合物的对接的结果两种方式差异很小。
我发现好像处理蛋白模块不一样导致的，因为我用Protein Preparation Wizard处理蛋白，如何做交叉对接，批量对接的自对接的结果就和单对接的结果很接近，发现，自对接的原配体也没有处理，不过，测试一下，处理不处理原配体，好像差别不是很大。
结合下面两篇文献，我看他们似乎没有专门处理，这种One-Step Protein Preparation处理蛋白，结果可以直接拿来用嘛？我是不是用Protein Preparation Wizard一个一个处理蛋白，然后在处理好原配体，然后放进Xglide去组交叉对接比较好？
有没有大佬遇到考虑类似的问题？？求助一二。好像Protein Preparation Wizard也可以批量处理蛋白，但是需要代码和编程，可以指点一下嘛。

参考资料：薛定谔批量分子对接（基础篇）_薛定谔对接后pose viewer-CSDN博客、网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro：7、批量分子对接（使用XGlide/Crossdocking模块进行蛋白质和配体多对多交叉对接）及生成热图_薛定谔分子对接-CSDN博客

Rick000000

参考图片是从下面往上的

sobereva

Rick000000 发表于 2025-11-5 23:08
参考图片是从下面往上的

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
自行重新编辑主贴，并且认真看置顶的社员必读贴了解怎么正确把上传的图片插入到帖子里

Rick000000

sobereva 发表于 2025-11-6 08:38
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎， ...

好的，了解了