使用glycam力场和amberff99sb力场完成寡糖和糖苷酶的模拟

王宝金 · 发表于 Post on 2025-11-6 11:08:27

我想请教关于gromacs进行复合场的模拟，以下是我的思路（但不知道是否完全正确），我想采用寡糖配体是glycam力场，糖苷酶是amberff99sb力场。我在了charmm-gui网站上绘制的寡糖文件，使用autodock vina进行了分子对接，然后剥离了蛋白质和寡糖，在glycam-web上绘制了我的寡糖-tip3p文件，接着在ambertools中完成了对接后的寡糖坐标与glycam-web上绘制的寡糖坐标的替换，并转化成了gro和topol文件，并对小分子的文件进行了更改，但在进行模拟合并蛋白-配体文件时，他首先会跳出原子定义重复的警告，在我忽略警告后，进行到nvt ，在我忽略警告后，进行到平衡时，会出现lincs warning，并无法进行后续步骤。所以想请问我该怎么去修改思路和步骤完成复合场的模拟。十分感谢！！！！

enthalpy · 发表于 Post on 2025-11-6 21:56:48

首先蛋白的力场用ff99sb 已经过时了，大家目前比较接受ff14sb以及ff19sb。还有原子类型名重复可能是一个严重的问题。你所谓的原子类型名重复是指蛋白/核酸力场的原子类型名字与糖分子力场的原子类型重名吗？按理说，amber蛋白力场和glycam是可以联用的。

王宝金 · 发表于 Post on 2025-11-7 08:27:46

本帖最后由王宝金于 2025-11-7 08:28 编辑

enthalpy 发表于 2025-11-6 21:56
首先蛋白的力场用ff99sb 已经过时了，大家目前比较接受ff14sb以及ff19sb。还有原子类型名重复可能是一个严 ...

好的，我会更换蛋白的蛋白的力场。是蛋白原子类型名字和糖分子力场的原子类型重名，因为我的topol和gro文件都只有蛋白和糖的信息，没有参杂其他东西。我在网上查到的也是glycam力场的原子是可以和amber原子类型兼容的，所以现在不知道是因为什么导致原子信息重复

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[GROMACS] 使用glycam力场和amberff99sb力场完成寡糖和糖苷酶的模拟

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