当重复运行动力学模拟得到不同自由能结果时，是否应增大运行次数

QiMengInori

首先非常感谢各位费心点进帖子，我刚接触动力学模拟，有几个问题未能找到合适的解决方案，所以来请教各位。
我本人做的是大分子的动力学模拟，具体来讲是两个蛋白质分子构成的蛋白质复合物（蛋白质A：210aa左右；蛋白质B：130aa左右）（前人研究已公认两个蛋白质间存在结合）。

我使用AlphaFold3预测两者的结合（该结构事实上已被成功解析，AF3预测的结果与实际PDB晶体结果几乎一模一样）。并根据AF3的输出结果，将两个蛋白质结合后构成的复合物进行动力学模拟，并希望通过MMPBSA分析蛋白质A与B之间的结合能，以期作为后续的参考（判断改构的新型B分子是否与未改构的B分子具备相似的结合能力）。MD的力场为力场amber14sb_parmbsc1.ff，水模型TIP3P，温度310K，体系盐浓度0.15nacl，运行300 ns。

在使用AF3重复预测得到两个复合物结构，并分别对两个结构结果运行动力学模拟后，将所得的RMSD,RMSF等结果输出（如图所示）。根据结果，我姑且认为在300ns的动力模拟后，两次运行的蛋白质复合物均已经到达平衡（如有不对，请各位不吝赐教，谢谢）。随后进行MMPBSA的结合能计算，观察到两次的结果有显著差异。
MMPBSA的计算方法是使用gmx_MMPBSA，取用最后20ns进行计算，即startframe=28000,endframe=30000,interval=10

我能理解因为实际存在的各种扰动，导致动力学轨迹无法重现，但是两次动力学模拟稳定后，结果应会是等价的，但实际上MMPBSA的结果却大相径庭，尤其是EEL，EPB这些。

我对这一现象比较疑惑。同时请问：我是否应该多重复几次（例如10次），直到其中某些数次（例如7次）的结果重复度较高（例如轨迹，结合能相似），并将这7次的结果作为最终的动力学模拟结果，并作为后续的实验参考依据？

student0618

1. 看看不同Replica模拟的轨迹是否采样到不同的interaction，例如多了个静电作用等。MMPBSA对电荷很敏感的。
2. 可测试不同时间段及不同窗口大小的MMPBSA，先看看同一轨迹的变化，并观看轨迹中该时段的相互作用。
3. “是否已平衡”需要的时间不同体系都不同，参考http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html

QiMengInori

student0618 发表于 2025-11-6 12:21
1. 看看不同Replica模拟的轨迹是否采样到不同的interaction，例如多了个静电作用等。MMPBSA对电荷很敏感的 ...

感谢您的回复。
以我的理解，您是指在两次运行中，由于部分因素的浮动，取最终280-300ns结果进行mmpbsa时，增加/减少了某个/某些氨基酸所产生的相互作用（例如影响非常大的静电作用），所有导致结合能变动比较剧烈。
我分别取用两次动力学模拟140-150ns的轨迹进行mmpbsa，发现结果比较稳定，且与“A/B-重复”的280-300ns的mmpbsa结果接近，因此我认为第一次运行“A/B”的280-300ns的mmpbsa结果属于“特殊情况”，予以排除。后续应参考“A/B”的280-300ns的mmpbsa、“A/B”的140-150ns的mmpbsa和“A/B-重复”的280-300ns的mmpbsa结果（3次结果接近）作为参考基准。
您看我这样理解合适吗，再次感谢您的回复。

sobereva

不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签、不要手写[GROMACS]这样的标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

QiMengInori

sobereva 发表于 2025-11-6 16:51
不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签、不要手写[GROMACS]这样的标签，http://bbs.keinsci.com/thre ...

好的，很抱歉给论坛和管理人员填麻烦，以后一定注意