求助，Gromacs报错，提示是Fatal error: Atom 1 in multiple T-Coupling groups (1...

AAjiandannanhai · 发表于 Post on 2025-11-7 18:34:48

各位老师同学小伙伴：
在计算过程中做nvt平衡出现了以下问题

看了很多讨论但是终究是没有说明白究竟是怎么回事，能否帮我解决一下，真是太感谢了！

NVT.mdp (2.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

topol.top (56.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

beyond · 发表于 Post on 2025-11-7 20:57:38

报错消息说得很明白了，Atom 1 在Group system里，也在Group Curcumin，
要不重新定义一下Group，要不就用一个system的Group 。

tcoupl                = V-rescale          ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = system Curcumin    ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1       0.1    ; time constant, in ps
ref_t                = 313.15    313.15       ; reference temperature, one for each group, in K

beyond · 发表于 Post on 2025-11-7 21:06:42

看了一下你的topology文件：

[ system ]
Curcumin
system

[ molecules ]
Curcumin 10
system 780

不明白你的system分子是什么？通常Gromacs的关键词有一个默认的关键词，system，包含了整个体系，这样就起冲突了

AAjiandannanhai · 发表于 Post on 2025-11-10 08:34:28

beyond 发表于 2025-11-7 21:06
看了一下你的topology文件：

[ system ]

已经解决了，太感谢了！system不能随便乱用。

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[GROMACS] 求助，Gromacs报错，提示是Fatal error: Atom 1 in multiple T-Coupling groups (1...

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