关于轨迹拼凑后聚类的问题

wang011127

我对我的蛋白体系平行进行了三次200ns的动力学模拟（同样的能量最小化，然后给一个随机的初速度进行最终的MD），rmsd三次结果如图（横坐标单位是ns，纵坐标为rmsd）

请问我如何将这三次的模拟合并一同进行聚类（相当于600ns），以及这样的操作是否具有意义，得到的cluster是否为一个有意义的结构，希望大家指导，非常感谢！

student0618

简单的直接trjcat合并轨迹再用gmx cluster 作clustering就可以了。

由于采样较多，看设定的参数及体系很可能不止一个cluster。

用多于一个轨迹作Combined clustering也是个检查采样是否收歛的一个方法，有兴趣了解的话，理论可参考 https://livecomsjournal.org/inde ... /view/v1i1e5067/913 第4.2节/fig.4。Combined clustering用Amber的cpptraj的话参考https://amberhub.chpc.utah.edu/combined-clustering-analysis/ (我只用过Amber做这分析，没找过gmx的方法)。