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[综合交流] 交联聚合物建模完成后,从体相到表面该怎么处理

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Level 5 (御坂)

我使用polymatic构建了均三甲苯氯酰和间苯二胺的交联聚合物。此时得到的是压缩后没有真空层的体相模型。由于后续想要研究膜表面的性质,所以想根据这个模型加上真空层来构建表面模型。但是,可以发现这个模型在边界附近,由于分子跨越边界所以变得不完整(例如苯环变成了两半)。这样就没法直接加真空层了。请问有什么办法能直接加上真空层并且保证真空层方向分子完整呢

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发表于 Post on 2025-11-9 00:19:06 | 只看该作者 Only view this author
trjconv结合-pbc mol或者VMD的pbc unwrap命令把分子保留完整后再扩真空区
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