计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 277|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 求助锌离子的逐级脱溶剂化能计算

[复制链接 Copy URL]

88

帖子

0

威望

233

eV
积分
321

Level 3 能力者

本帖最后由 moiraaa 于 2025-11-9 17:50 编辑

各位老师好,我目前在做锌离子和6个水配位逐渐脱水的逐级脱溶剂化能,我的想法是锌离子和5个水配位的结合能(锌离子和5个水整体几何优化B3LYP/6-31G(d'),然后单点能计算tpsstpss/6-311g(d) em=gd3b减去锌离子和水单独结构优化后的单点能能量)减去锌离子和个水配位的结合能,以此类推,得到如下表格。但是遇到一个问题,我不知道论文里最后一个能垒怎么得到的,按照我这么计算,应该是锌离子和一个水的结合能减去锌离子的能量,但是按照表格里的数据是-1778.39857-0.12hartree,这应该不太对,但是我有不知道咋做了,恳请各位老师帮忙。

202511091707012244..png (456.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

我计算得到的表格

我计算得到的表格

202511091700068131..png (299.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202511091700068131..png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-11-9 17:44:49 | 只看该作者 Only view this author
根本没有过渡态,没法叫能垒,这叫逐级去溶剂化能
能量求差时显然前后化学组成必须相同,“锌离子和一个水的结合能减去锌离子的能量”完全意义不明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

88

帖子

0

威望

233

eV
积分
321

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-9 17:49:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-9 17:44
根本没有过渡态,没法叫能垒,这叫逐级去溶剂化能
能量求差时显然前后化学组成必须相同,“锌离子和一个水 ...

好的好的,社长。那您觉得我最后一个能量求差应该咋做?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-11-9 18:17:22 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2025-11-9 17:49
好的好的,社长。那您觉得我最后一个能量求差应该咋做?

显然一水合锌离子减去锌离子减去一个水分子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

88

帖子

0

威望

233

eV
积分
321

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-9 18:41:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-9 18:17
显然一水合锌离子减去锌离子减去一个水分子

好的,好的,谢谢社长。
我还有一个问题,就是我从MD上截取出来的结构为什么一定要结构优化才能做能量计算呢,结构优化之后和MD之后的结构不就不相同了吗

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124671

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2025-11-9 18:54:20 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2025-11-9 18:41
好的,好的,谢谢社长。
我还有一个问题,就是我从MD上截取出来的结构为什么一定要结构优化才能做能量计 ...

MD的瞬时结构根本没法用,除非你考虑一大堆帧的时间平均
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

88

帖子

0

威望

233

eV
积分
321

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-9 19:08:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-9 18:54
MD的瞬时结构根本没法用,除非你考虑一大堆帧的时间平均

懂了,社长,谢谢社长

88

帖子

0

威望

233

eV
积分
321

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-9 20:36:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-9 18:17
显然一水合锌离子减去锌离子减去一个水分子

社长,斜线上的数值是表格里的E列的话和参考论文里的数值趋势完全对不上啊,是我的计算有错误吗

135

帖子

0

威望

1343

eV
积分
1478

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2025-11-10 21:24:14 | 只看该作者 Only view this author
你引用的这篇文献有问题,如果六水合锌是作为起始0点,那么,脱水反应吉布斯自由能应该向上走。向下走成了脱水反应是自发过程了。

88

帖子

0

威望

233

eV
积分
321

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-15 10:53:51 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2025-11-10 21:24
你引用的这篇文献有问题,如果六水合锌是作为起始0点,那么,脱水反应吉布斯自由能应该向上走。向下走成了 ...

天啊,太谢谢您了,我们当时都没有考虑这个问题

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 05:40 , Processed in 0.327515 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list