计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 122|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:进行Gromacs模拟前晶体结构净电荷不为零

[复制链接 Copy URL]

25

帖子

0

威望

585

eV
积分
610

Level 4 (黑子)

计划使用Gromacs模拟有机分子在锂云母(001)表面的吸附行为。建模过程如下:首先,从美国矿物协会晶体结构数据库中获取了锂云母的晶体结构(附件1),并使用Materials Studio软件将其沿(001)面切割,构建了一个在Z轴方向包含两个结构层的超胞(附件2)。计划将此超胞作为基础单元,编译Gromacs所需的itp文件,锂云母层计划使用CLAYFF力场的参数。

然而,在赋予CLAYFF力场电荷后,发现这个两层超胞本身带有较强的净负电荷。如果在后续动力学模拟中再进行溶液环境的扩胞,整个体系将携带数百个负电荷。另外,我也尝试了数据库中具备K Li Al Si O F几种元素的其他晶体结构,按照此建模过程,构建的基础单元净电荷均不为零。

因此,想请教各位老师:1、我构建的这个两层超胞模型本身是否存在问题?2、如果想要获得一个净电荷为零的基础单元,有没有什么方法来使云母层保持电中性呢?3、还有什么其他途径可以获取锂云母晶胞吗?


构建的基础单元原子信息.png (28.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

依据CLAYFF力场-构建的基础单元原子电荷信息

依据CLAYFF力场-构建的基础单元原子电荷信息

附件1.cif

9.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

附件2.pdb

6.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 05:42 , Processed in 0.196361 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list