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[GROMACS] 求助:GAFF力场模拟醚水混合物出现团簇

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本帖最后由 Jeremy2338 于 2025-11-13 20:31 编辑

我在使用gromacs模拟液液分相的过程,包含三种物质,分别是水(SOL),二乙烯三胺(DETA)与CO2反应后的质子化胺及氨基甲酸盐(HDC),以及二乙二醇二甲醚(DGM),实际的物理现象为三者混合之后会出现分层,其中SOL和HDC会主要存在于一相中,而DGM单独为一相,可以理解为DETA和CO2反应的产物增加了溶液的离子强度,在盐析作用下,DGM的溶解度变小。我使用了Sobtop生成了HDC及DGM的itp文件,之后使用了RESP2电荷,使用的水模型为tip4pew模型。SOL+HDC+DGM的体系的分相状态很明显,出现了明显的分层,但是SOL+DGM的体系却出现了明显的团簇,但现实中SOL与DGM应该是互溶的。因此怀疑是力场的问题,改用OPLS-AA力场,SOL+DGM混溶的很好,但是SOL+HDC+DGM不分相了。不知道究竟是哪里出了问题,想请大家帮忙看下为什么,提供些建议。

DGM团簇.png (226.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图1,GAFF力场,NPT20ns,去掉水分子后的图片

图1,GAFF力场,NPT20ns,去掉水分子后的图片

DGM.itp

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em.mdp

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能量最小化-steep

em2.mdp

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能量最小化-cg

GAFF.itp

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mixture.top

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mixture_solvated.gro

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npt.mdp

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发表于 Post on 2025-11-13 20:40:08 | 只看该作者 Only view this author
试试用opc水模型。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-13 20:46:35 | 只看该作者 Only view this author

好的好的,我去试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-13 21:33:27 | 只看该作者 Only view this author

用了OPC模型之后,感觉有改善,觉得还是有团簇的产生

DGM团簇2.png (271.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

DGM团簇2.png

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发表于 Post on 2025-11-15 06:03:59 | 只看该作者 Only view this author
也可以尝试GAFF2,描述范德华作用精度整体比GAFF有不小提升
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