gromacs蛋白质两个部分与水配位结合的结构性离子跑出蛋白、使用2个mpi进程报错

hutaonilu

各位老师好，我的蛋白质含有两个部分与水分子配位结合的结构性离子（钙离子CA和氯离子CL），以及一个N端的非标准残基PCA，原子数是5w左右，分子量约为55kDa。我按照教程处理了非标准残基，然后再使用win版本的gromacs，进行了添加盒子（dodecahedron）、溶剂化（spc216）、添加离子（我的蛋白质是-3.000电荷，gromacs添加了3个钠离子NA）、em、nvt（310k，37℃，模拟的人体温度）、npt（1bar），然后生成md.tpr文件。随后将文件上传到超算，在超算上进行正式模拟的计算。
目前遇到了两个问题。
一、正式模拟过程中会发现钙离子CA和氯离子CL会跑出来，相对于蛋白质的RMSD非常混乱（如图所示）。
二、使用超算系统，如果用1个mpi进程是可以正常跑mdrun，但如果变成两个mpi，就会报错，如下所示：
输入：yhrun -p deimos -N 2 -n 2 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md100 -ntomp 64 -rdd 1.5
报错110 of the 87206 bonded interactions could not be calculated because some
atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance
(1.4085 nm) or the two-body cut-off distance (1.4085 nm), see option -rdd, for
pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck

     反复调整过-rdd的参数，从1.0-2.0，但保存仍然会存在，只是显示的报错的键作用数目不同。补充一下问题一的离子跑出是基于1个mpi进程计算的结果。
如有老师解答，万分感谢！

student0618

RMSD很明显是周期性边界的事，先用 gmx trjconv -pbc mol 或者-pbc cluster处理好。
http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html

hutaonilu

student0618 发表于 2025-11-21 21:50
RMSD很明显是周期性边界的事，先用 gmx trjconv -pbc mol 或者-pbc cluster处理好。
http://bbs.keinsci.c ...

谢谢解答。想问一下如果这是周期性边界的问题是不是说明离子没有跑出来？

student0618

hutaonilu 发表于 2025-11-21 22:30
谢谢解答。想问一下如果这是周期性边界的问题是不是说明离子没有跑出来？

先处理好轨迹再用VMD等可视化检查。

hutaonilu

我使用了gmx trjconv -pbc mol修改过轨迹但是两个离子的RMSD还是波动很大，然后我尝试着给修改了我的mdp参数，修改成添加了comm-grps  = protein和comm-mode = angular，但两个离子的RMSD还是波动很大。然后我用pymol可视化查看了整体运动，确实两个离子会跑出来。

hutaonilu

这个是我的轨迹动画，黄色小球是钙离子，蓝色小球是氯离子。

student0618

hutaonilu 发表于 2025-11-23 12:02
这个是我的轨迹动画，黄色小球是钙离子，蓝色小球是氯离子。

轨迹显示离子消失又返回，很明显仍然是pbc问题。尝试使用-pbc cluster。

hutaonilu

student0618 发表于 2025-11-23 20:55
轨迹显示离子消失又返回，很明显仍然是pbc问题。尝试使用-pbc cluster。

使用了-pbc cluster仍然还是两个离子的RMSD还是波动很大，和一开始的RMSD图保持一样。我输入的指令是：gmx trjconv -s md200.tpr -f md200.xtc -o md200center.xtc -center -pbc cluster -ur compact
Select group for clustering 我选了（1）protein
Select group for centering 我选了（1）protein
Select group for output 我选了（0）system

student0618

hutaonilu 发表于 2025-11-24 13:10
使用了-pbc cluster仍然还是两个离子的RMSD还是波动很大，和一开始的RMSD图保持一样。我输入的指令是：gm ...

蛋白和两个离子make_ndx 分同一组，trjconv -pbc cluster -n index.ndx选蛋白+离子的组。

hutaonilu

student0618 发表于 2025-11-24 13:14
蛋白和两个离子make_ndx 分同一组，trjconv -pbc cluster -n index.ndx选蛋白+离子的组。

谢谢老师！现在确实就没问题，钙离子的RMSD在0-0.2nm处波动。