提问多肽体系进行计算结构应该如何考虑？

王涛 · 发表于 Post on 2025-11-23 21:37:49

本帖最后由王涛于 2025-11-23 21:40 编辑

由于是材料专业出身，在遇到多肽质子化这个问题很棘手。有查阅到需要进行封端等之类的。
我的多肽序列来自于novopro网站，多肽序列转成SMILES，然后SMILES转成3D结构模型的。
请教各位大佬，在做计算时多肽的结构时怎么进行预处理的？比如我环境的PH=7。
以及有没有一些实用的工具或者网站？

student0618 · 发表于 Post on 2025-11-23 21:58:43

几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

或者试试 Alphafold

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