计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 122|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 如何寻找针对双层膜的离子参数

[复制链接 Copy URL]

16

帖子

0

威望

210

eV
积分
226

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
用charmm力场做了脂肪酸双层,但是加入金属阳离子以后双层结构没有变化,实验中加入以后双层囊泡会破裂,该过程模拟不出,我猜测可能需要更适合双层膜的离子参数,目前还没有找到求助

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-12-4 11:29:14 | 只看该作者 Only view this author
据我所知没有专门给双层膜体系定义的离子参数。但可以看看是否有文献算过类似问题,先试图重复它们的模拟结果
可用的离子参数很多,Merz、Madrid-2019、KBFF等,可以选择和当前力场兼容的尝试。
另外也尝试用sobtop产生非常主流的GAFF或GAFF2力场结合RESP电荷的拓扑文件描述脂肪酸。本身CHARMM就不是专门描述有机小分子体系的(除非指的是磷脂)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-23 20:33 , Processed in 0.236379 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list