如何实现批量计算Li结合能的初始建模

Dreamer1 · 发表于 Post on 2025-12-5 21:12:46

老师好，我现在在做结合能的描述符的批量计算。现在我通过SMILES式构建了一千多个有机醚类溶剂分子（每个醚类分子上面有一个O）并得到了结构文件，现在我需要批量计算Li+（锂离子）与醚类分子的结合能。Li离子与溶剂分子的结合位点是Li—O，那么Li的位置肯定是在O附近，与O的距离是最近的。那么我的问题是：如何批量在这一千多个分子的O周围增加一个Li离子？想问一下老师有没有好的办法去做

Voidmio · 发表于 Post on 2025-12-5 22:24:30

说真的，为什么不在 SMILES 串里加一个 ([Li]) 呢

Dreamer1 · 发表于 Post on 2025-12-5 23:50:27

Voidmio 发表于 2025-12-5 22:24
说真的，为什么不在 SMILES 串里加一个 ([Li]) 呢

Li接在什么位置呢？它应该是在距离O最近，距离其他相对远的位置

Dreamer1 · 发表于 Post on 2025-12-5 23:51:30

Voidmio 发表于 2025-12-5 22:24
说真的，为什么不在 SMILES 串里加一个 ([Li]) 呢

是不是对于Li得设置一些限制，Li的位置很重要啊

Voidmio · 发表于 Post on 2025-12-7 14:57:39

Dreamer1 发表于 2025-12-5 23:51
是不是对于Li得设置一些限制，Li的位置很重要啊

O[(Li)]生成之后当然还要进一步优化的，到时候想怎么控制都行

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