限制优化命令问题

xpyp · 发表于 Post on 2017-4-30 17:12:33

若有一蛋白质，其氨基酸残基为１～１００，　那作限制蛋白主链的重原子（backbone）作优化，
是用　restranitmask = ':1-100@CA, C, N'
还是用　restraintmask = ':1-100@CA, C, N, O' 呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-30 17:36:11

前者就可以达到目的

xpyp · 发表于 Post on 2017-4-30 18:23:23

官网教程中，多用前者，但也有用后者的。不知有何细微差别？
　比如：１）　restraintmask = ':1-100@CA, C, N, O'　的Ｏ就特指主链的羰基‘Ｏ＇么？那酪氨酸中的羟基’Ｏ‘是否会被选中？　Ａｍｂｅｒ中氨基酸原子类型命名规则在哪篇文献里？
　　　　２）在计算backbone的 rmsd随时间变化时，上述两种方式的结果是否相同？据经验，哪种方式好呢？

问题有点多，见谅！

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-30 21:22:36

xpyp 发表于 2017-4-30 18:23
官网教程中，多用前者，但也有用后者的。不知有何细微差别？
　比如：１）　restraintmask = ':1-100@CA, ...

原子类型的定义在力场原文里有，在parm99.dat里也有
那个O是指的肽键上的O，这个是否限制住无所谓

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