amber的image功能出错

lujun · 发表于 Post on 2017-5-6 17:10:54

sobereva 发表于 2017-5-6 16:56
边界处该成键的应该成键了吧，VMD是按照原子距离判断成键的，如果没判断成键，说明平移复制过程有问题。 ...

从图像上看，genconf的结构基本上是把边界处的碎片结合在一块了，但是这只是图像上的结果，在pdb文件中，这些碎片属于不同的残基，实际上这些碎片应该是完整的一个分子，这时候如果保存结构的话，会把这些已经结合在一块的分子保存成一个新的残基么。或者说如何选择出这些新的残基。

lujun · 发表于 Post on 2017-5-8 21:16:13

sobereva 发表于 2017-5-6 16:56
边界处该成键的应该成键了吧，VMD是按照原子距离判断成键的，如果没判断成键，说明平移复制过程有问题。 ...

sob大神，再次向你请教一下。我按照fragment选取结构后，得到的结构很合理，没有边界处的断键了。但是在保存得到的pdb文件中有的属于一个的fragment的原子，往往在不同的residue中，由于要做qmmm，我要用amber的top，在tleap中，load结构时，会有warning：
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6236>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6239>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6361>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6429>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6480>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6553>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 6947>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7150>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7151>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7165>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7211>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7241>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7284>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7297>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7324>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7355>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7370>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7373>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7379>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7385>.A<O 1>
  Added missing heavy atom: .R<WAT 7393>.A<O 1>
  total atoms in file: 3520
  Leap added 63 missing atoms according to residue templates:
   21 Heavy
   42 H / lone pairs
这个就是不同的residue造成的。不过最后tleap没有报错。不知道这个会不会有影响。原子我已经都在lib中定义好了的。

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-8 21:18:00

lujun 发表于 2017-5-8 21:16
sob大神，再次向你请教一下。我按照fragment选取结构后，得到的结构很合理，没有边界处的断键了。但是在 ...

可以用desc命令检查一下各个残基的信息是否完整，并且在leap里保存出pdb文件进一步确认下，如果看不出什么毛病就行了

lujun · 发表于 Post on 2017-5-8 21:25:18

sobereva 发表于 2017-5-8 21:18
可以用desc命令检查一下各个残基的信息是否完整，并且在leap里保存出pdb文件进一步确认下，如果看不出 ...

谢谢sob大神，这次好像就ok了，我先desc，然后保存为pdb。用新的pdb，没有warning。

lujun · 发表于 Post on 2017-5-10 01:09:08

sobereva 发表于 2017-5-8 21:18
可以用desc命令检查一下各个残基的信息是否完整，并且在leap里保存出pdb文件进一步确认下，如果看不出 ...

sob大神，好像还是有问题。在leap中savepdb出来的结构有问题。我用vmd根据碎片来截取结构，有的碎片属于不同的残基，保留下来后，在leap里面savepdb的时候，会把碎片补齐，最终的结构往往很奇怪。比方说有两个水挨的很近。这个该怎么处理比较好。感觉还是需要有程序根据碎片来保存好结构。不会把结构书写乱

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] amber的image功能出错