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[GROMACS] 分子动力学模拟晶体结构,通过sobtop构件itp文件,进行动力学模拟失败,不知原因

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老师,你好,我通过sobtop软件构建了Fe3O4的itp文件,在设计的时候,assign_AT.dat文件里从新定义了Fe3O4中的氧原子,把O改成MO,但是gro文件里还是没改,但是itp文件里的[atoms]文件顺序和gro文件是一致的,但后面的角度和键长相也都是MO,这会影响后续的模拟无法识别键角等参数这个问题吗?

我通过gro,还有md_PBC.mdp文件进行模拟的时候出现报错,mdp文件来自于sobtop里的例子文件,就是不知为何会报错,我理解是原子type名字改变导致无法识别键长参数吗?我该如何改正呢,还是说我盒子尺寸有问题?(看上去盒子并没有包裹住所有的原子)


202512111734126929..png (357.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

盒子结构

盒子结构

202512111734031635..png (47.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

mdp文件

mdp文件

202512111733526443..png (70.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

gromacs报错信息

gromacs报错信息

202512111732541966..png (346.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

第一个是itp文件信息,第二个是LJ参数,第三个是gro文件

第一个是itp文件信息,第二个是LJ参数,第三个是gro文件

34_1.top

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md.log

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md_PBC.mdp

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发表于 Post on 2025-12-11 22:03:58 | 只看该作者 Only view this author
原子顺序对应就行,原子名无所谓

gro文件只记录原子名,不记录原子类型。只要gro和拓扑文件的原子顺序对应正确,则各个原子的原子类型自然就是正确的

cutoff哪能用那么小

参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8调试、排查

当前并没报错,warning和error完全是两码事。VMD看轨迹等方式判断模拟是否正常

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-12 20:51:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 故1996 于 2025-12-12 20:52 编辑
sobereva 发表于 2025-12-11 22:03
原子顺序对应就行,原子名无所谓

gro文件只记录原子名,不记录原子类型。只要gro和拓扑文件的原子顺序对 ...

好的,老师,我在群里问过,我现在怀疑是Fe3O4的LJ参数有问题,这是我在文献中查到的参数
我也查阅了别的晶体之间LJ参数,文献中的epsilon非常小,数量级达到了10-6,我看别的物质都在10-1左右,是不是文献有问题呢,看公式也没什么问题

jz3c01290_si_002 (1).pdf

4.3 MB, 下载次数 Times of downloads: 12

LJ参数文献

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发表于 Post on 2025-12-13 03:56:35 | 只看该作者 Only view this author
故1996 发表于 2025-12-12 20:51
好的,老师,我在群里问过,我现在怀疑是Fe3O4的LJ参数有问题,这是我在文献中查到的参数
我也查阅了别 ...

看其它文章的
至少UFF的没这么小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-15 08:58:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-13 03:56
看其它文章的
至少UFF的没这么小

老师,我可以直接采用UFF的LJ数据吗,我查了一下,还没看见别的文章有研究Fe3O4的,但是在clayFF力场里有很多引用,可以参考其中的LJ参数吗?

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发表于 Post on 2025-12-15 09:25:45 | 只看该作者 Only view this author
故1996 发表于 2025-12-15 08:58
老师,我可以直接采用UFF的LJ数据吗,我查了一下,还没看见别的文章有研究Fe3O4的,但是在clayFF力场里有 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-15 16:07:23 | 只看该作者 Only view this author

老师你好,
刚才的回答,没理解是可以使用UFF力数据是可以,还是使用clayFF力场中的LJ参数可以。
我查了clayFF力场,在力场里面,Fe3O4的参数就是O有LJ参数,Fe的参数为0
那我还是直接使用UFF力场里的Fe和O的数据,是这样可以吗?

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发表于 Post on 2025-12-15 23:49:52 | 只看该作者 Only view this author
故1996 发表于 2025-12-15 16:07
老师你好,
刚才的回答,没理解是可以使用UFF力数据是可以,还是使用clayFF力场中的LJ参数可以。
我查 ...

有专门的高质量、被文献用得普遍的参数,就用专门的参数;没有专门的就用UFF凑合
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