求助矿物模拟能量最小化后结构崩溃

我去3000年

各位老师好！我在模拟矿物的过程中能量最小化之后矿物的结构就崩溃了（添加了位置限制好像也没用），无法进行后续的模拟，想请各位老师帮我看看问题出在哪里。模拟使用的体系是使用gmx editconf命令复制单个晶胞生成然后修改盒子大小得到的，模拟用到的文件在压缩文件中，截图是能量最小化前后的变化情况。

sobereva

这种事几乎一定是拓扑文件有问题
检查里面的参数、各种项是否该有的都有、原子序号是否正确，以及拓扑文件与结构文件的原子顺序是否对应

[molecules]里GEO 160明显异常。本来goethite是一个完整固体，怎么能出现160个。倘若你是对原胞创建的拓扑文件，就大错特错
看http://sobereva.com/soft/Sobtop里的例子了解周期性体系拓扑文件怎么正确创建。拓扑文件要对实际模拟用的超胞里的原子晶体直接创建

我去3000年

sobereva 发表于 2025-12-13 04:13
这种事几乎一定是拓扑文件有问题
检查里面的参数、各种项是否该有的都有、原子序号是否正确，以及拓扑文件 ...

感谢sob老师！我再重新学习和构建一下。