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[GROMACS] 求助拟合DFT得到的LJ势参数在GROMACS中的使用

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各位老师好,我想复现一篇MD模拟分子自组装的工作。其中分子与衬底之间的相互作用,通过下图中拟合分子与衬底间 不同间距的DFT单点能 获得的LJ势参数来刻画。但实际操作GROMACS貌似需要将参数精确到原子与原子之间,而非将分子当做一个整体,学生初学GROMACS,请各位老师批评指教。(引文:http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpclett.5b02147)

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发表于 Post on 2025-12-15 17:01:27 | 只看该作者 Only view this author
一般是一个初猜(例如未优化的现有力场)开始,重复调整原子的力场参数 -> 模拟 -> 算那energy curve ,直至fit到reference上。

力场开发的人通常有In-house脚本自动化这种很 routine 的 fitting。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-15 18:10:06 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-12-15 17:01
一般是一个初猜(例如未优化的现有力场)开始,重复调整原子的力场参数 -> 模拟 -> 算那energy curve ,直至f ...

谢谢老师回复,看文献的意思应该是直接用公式拟合得到的参数,况且gromacs不是可以通过nonbond_params直接读LJ势参数嘛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-15 18:12:31 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-12-15 17:01
一般是一个初猜(例如未优化的现有力场)开始,重复调整原子的力场参数 -> 模拟 -> 算那energy curve ,直至f ...

其实我现在考虑的主要问题不是如何得到参数,而是怎么把拟合得到的参数按格式写入进去,试着跑一下

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发表于 Post on 2025-12-16 00:24:56 | 只看该作者 Only view this author
Feynman_nur 发表于 2025-12-15 18:12
其实我现在考虑的主要问题不是如何得到参数,而是怎么把拟合得到的参数按格式写入进去,试着跑一下

改[atomtypes]里相应原子类型的LJ参数就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-16 10:10:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-16 00:24
改[atomtypes]里相应原子类型的LJ参数就完了

谢谢sob老师回复,那意思是分子中的所有原子与衬底原子间都用同一套参数吗

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发表于 Post on 2025-12-17 02:28:15 | 只看该作者 Only view this author
Feynman_nur 发表于 2025-12-16 10:10
谢谢sob老师回复,那意思是分子中的所有原子与衬底原子间都用同一套参数吗

语义不明,我说的和你说的八竿子打不着
当前被吸附的分子和基底的元素都不同,原子类型更不可能相同,何谓用同一套参数


你要么拟合每种原子类型的LJ参数,让程序通过混合规则自动确定原子类型间的LJ参数;要么拟合原子类型间的参数,并直接用[nonbond_params]字段指定
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-19 18:58:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-17 02:28
语义不明,我说的和你说的八竿子打不着
当前被吸附的分子和基底的元素都不同,原子类型更不可能相同,何 ...

好的 非常感谢sob老师

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