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[GROMACS] 求助蛋白和多肽连接运行nvt一直出问题

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老师好,
我现在模拟的体系是iii多肽和锆结合后,整体再和蛋白通过巯基链接。力场是amber+UFF,体系中加入了氯化钠确保电中性,但运行nvt一直出问题,求老师解答一下,附件中是gromacs模拟nvt遇到的问题,nvt参数文件和topol文件(蛋白有两个itp,多肽的itp是protein.itp)

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发表于 Post on 2025-12-24 11:53:48 | 只看该作者 Only view this author
没看到附件及报错讯息。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-24 14:52:26 | 只看该作者 Only view this author
不好意思老师,图片在新的附件中

屏幕截图 2025-12-24 104218.png (275.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

屏幕截图 2025-12-24 104218.png

屏幕截图 2025-12-24 105256.png (147.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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屏幕截图 2025-12-24 105328.png (502.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2025-12-24 15:45:28 | 只看该作者 Only view this author
整个系统没有电中性呀,提醒有不为零的静电荷,再仔细检查一下力场文件看看?

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发表于 Post on 2025-12-25 22:01:18 | 只看该作者 Only view this author
手动调整一下电荷

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发表于 Post on 2025-12-26 04:49:34 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蛋白和多肽连接” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-12-26 05:21:02 | 只看该作者 Only view this author
净电荷偏离0只有0.00029的程度可以无视
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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