Gromacs结合能分析选取帧的问题求助

XLB2025 · 发表于 Post on 2025-12-27 19:37:31

各位老师好！
求助一个关于结合能分析的问题，当分子模拟结束后用gmxMMPBSA做结合能分析时，选取的Frames应该是自由能形貌图对应结合能最小的附近时间的那几帧还是对接最后几帧的呢？期待老师们的解答！
谢谢！

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-27 21:54:59

MMPBSA是建议至少100帧以上的，一般用已平衡，稳定结合的轨迹来跑。

XLB2025 · 发表于 Post on 2025-12-27 22:56:16

student0618 发表于 2025-12-27 21:54
MMPBSA是建议至少100帧以上的，一般用已平衡，稳定结合的轨迹来跑。

谢谢老师的回复！如果这样的话是不是可以认为：1、虽然自由能形貌图里发现的自由能最低，但是可能还没有完全平衡；2、100帧的范围很有可能就包括自由能形貌图里发现的最低自由能的所在帧。

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-27 23:05:10

本帖最后由 student0618 于 2025-12-27 23:08 编辑

是什么CV的自由能形貌图？要考察的是什么？

假设是蛋白骨架PCA的自由能形貌图，而目的是考察某个稳定构像时与小分子的结合，那当然可以从那部分抽取frames来算。

至少100 是统计上的事，实际取轨迹哪部分要看体系和目的。

MMPBSA很常是结合高通量筛选的，因此最常见是直接拿已平衡的某时段算MMPBSA，不必先算某个CV的free energy landscape。

sobereva · 发表于 Post on 2025-12-28 07:07:56

别自己在标题里写[GROMACS]这种标签，这次给你改了，以后注意！

XLB2025 · 发表于 Post on 2025-12-28 12:42:13

本帖最后由 XLB2025 于 2025-12-28 12:52 编辑

student0618 发表于 2025-12-27 23:05
是什么CV的自由能形貌图？要考察的是什么？

假设是蛋白骨架PCA的自由能形貌图，而目的是考察某个稳定构 ...

老师，我提问这个问题的原因是：看到有些教程和论文里做了主成分分析的FEL，但是分析结合能的时候是通过稳定后最后一段时段分析的，所以就疑问结合能的分析可以不跟EFL的抽帧一致吗，这样会不会受到同行的质疑。

XLB2025 · 发表于 Post on 2025-12-28 12:42:38

sobereva 发表于 2025-12-28 07:07
别自己在标题里写[GROMACS]这种标签，这次给你改了，以后注意！

收到，下次一定注意，老师！

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-29 20:21:57

XLB2025 发表于 2025-12-28 12:42
老师，我提问这个问题的原因是：看到有些教程和论文里做了主成分分析的FEL，但是分析结合能的时候是通过 ...

先搞清楚自己的目的是什么、VMD看轨迹时自己的体系蛋白和配体是否稳定结合。

决定作任何事情先了解其原因，论文或教程会放某些做法是为什么。

如果整个蛋白很稳定，他骨架的PCA自由能面自然集中在一处。就算配体结合要到最后50ns才稳定的，蛋白骨架的PCA未必有反映这点的。

因此目的是蛋白配体作用的话，一般看rmsd稳定、看轨迹那段时间的结合已稳定，取那段轨迹来算MM/PBSA。一般稳定结合的情况下，骨架PCA跑到哪配体还是在口袋内没动的。

很多文章放MMPBSA+PCA 排除有不少是换个蛋白灌水外，一般是想比较结合配体如何影响蛋白的构像。

真要是必要从PCA取构像算的case，通常是较复杂，较少见的。例如配体在蛋白有多个结合模式，恰巧对应骨架在自由能面不同的minima，这情况才需要考虑取对应那minima范围的帧来算。

XLB2025 · 发表于 Post on 2025-12-31 21:14:18

student0618 发表于 2025-12-29 20:21
先搞清楚自己的目的是什么、VMD看轨迹时自己的体系蛋白和配体是否稳定结合。

决定作任何事情先了解其 ...

明白了，谢谢老师！

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