使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

snljty

84015917 发表于 2020-7-27 17:47
请问molclus可以不再当前文件夹下运行吗？在其他的文件夹下启动，或者有运行它的脚本啊？

settings.ini放到当前目录，molclus的路径写完整，或者把molclus安装在的目录加入PATH。计算机小常识。

84015917

谢谢谢谢

qinzhong605

社长，最新版本moclus，自己在算过程中发现两个问题：（一）Gaussian算opt+freq, orca算高精度单点，ibkgbw= 1，但是.gbw仍然未保存，只有能量输出文件，其他跑一切正常。（二）第二个问题，如果我需要续算的话，比方前面的5帧的高斯算完了，停掉任务后，继续算第八帧（ngeom= 8），后面任务开始跑时，如果不注意备份前面1-5帧高斯的out、chk文件的话，就会立马被删掉，是我设置不对还是操作有问题呢？详细设置如下：
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iprog= 1  // The computational code to invoke. 1: Gaussian, 2: MOPAC, 3: ORCA, 4: xtb, 5: Open Babel
  ngeom= 1-9 // Geometries in traj.xyz to be considered. 0: All, n: First n. You can also use e.g. 2,5-8,12-14 to customize range
  itask= 3  // Type of task. 0: Optimization, 1: Single point energy, 2: frequency, 3: Optimization with frequency, -1: Composite method (only for Gaussian, e.g. CBS-QB3)
  ibkout= 1  // When backup output file. 0: Never, 1: All, 2: Successful tasks, 3: Failed tasks
  distmax= 999  // If distance between any two atoms is larger than this (Angstrom), the geometry will be skipped
  ipause= 0  // When pause molclus. 1: Optimization didn't converge (For Gaussian and ORCA), 2: After each cycle, 0: Never pause
  freeze= 0  // Index of atoms to be freezed during optimization, e.g. 2,4-8,13-14. If no atom is to be freezed, this parameter should be set to 0
--- Below for Gaussian ---
  gaussian_path= "/home/zq/g16/g16"  // Command for invoking Gaussian
  igaucontinue= 0  // 1: If optimization exceeded the upper number of steps, continue to optimize the last geometry using template2.gjf  0: Don't continue
  energyterm= "HF=" // For itask= 0 or 1, set label for extracting electron energy from archive part of output file, e.g. HF=, MP2=, CCSD(T)=. For itask= -1, set label for extracting thermodynamic quantity, e.g. "G4 Free Energy=" means G4 free energy will be extracted (need to write double quotes!). For itask= 2 or 3, this parameter does not need to be set because free energy is always extracted (however, if template_SP.gjf is presented, this parameter also determines loading which energy from high-level single point task).
  ibkchk= 1  // The same as ibkout, but for .chk file
--- Below for ORCA ---
  orca_path= "/home/zq/orca421/orca"  // Command for invoking ORCA
  ibkgbw= 1  // The same as ibkout, but for .gbw file
  ibktrj= 0  // 1: Backup optimization trajectory (*_trj.xyz) with step number in the file name, 0: Don't backup
  mpioption= none  // Special MPI option for running ORCA. e.g. --allow-run-as-root. If no option is needed, this option should be set to "none"
--- Below for MOPAC ---
  mopac_path= "/home/zq/MOPAC2016/MOPAC2016.exe"  // Command for invoking MOPAC
--- Below for xtb ---
  xtb_arg= "--gfn 1 --chrg 0 --uhf 0"  // Additional arguments for xtb, e.g. "vtight --gfn 1 --gbsa h2o --chrg 0" (don't write task keywords such as "--opt" here)
--- Below for Open Babel ---
  obabel_FF= MMFF94  // Force field employed by Open Babel, available: MMFF94,   Ghemical, UFF, GAFF
  obabel_param= "--steps 2500" // Additional arguments for Open Babel. Hint: For large system, "--log" could be added to monitor minimization process

sobereva

qinzhong605 发表于 2020-8-2 00:20
社长，最新版本moclus，自己在算过程中发现两个问题：（一）Gaussian算opt+freq, orca算高精度单点，ibkgbw ...

1 ibkgbw=1保留gbw文件只是对于iprog=3而言的

2 目前版本需要自行备份

下个版本我考虑增加个append模式，新产生的isomers.xyz直接在原有的isomers.xyz上续写（如果有的话），并且此时不自动删除之前备份的out、chk之类文件。

qinzhong605

sobereva 发表于 2020-8-2 04:19
1 ibkgbw=1保留gbw文件只是对于iprog=3而言的

2 目前版本需要自行备份

好的，感谢社长的解答！

junjiqiangzhe

老师，您所说的合并命令“cat molc1\isomers.xyz molc2\isomers.xyz molc3\isomers.xyz molc4\isomers.xyz > isomers.xyz”应该往什么程序里输入呀？我是windows 10系统，我开始以为是在cmd.exe中输入，但是输入后显示是不可运行的程序，这方面不太懂，麻烦您稍微详细一点，万分感谢！

zjxitcc

junjiqiangzhe 发表于 2020-8-9 13:02
老师，您所说的合并命令“cat molc1\isomers.xyz molc2\isomers.xyz molc3\isomers.xyz molc4\isomers.xyz  ...

这是Shell命令，要在Linux环境下输入。你可以选择在Windows下安装MobaXterm软件，打开它的local terminal，这就是个简易的Linux环境，支持cat，可以直接对Windows下的文件进行操作（进到相应的目录中）。

junjiqiangzhe

zjxitcc 发表于 2020-8-9 15:07
这是Shell命令，要在Linux环境下输入。你可以选择在Windows下安装MobaXterm软件，打开它的local terminal ...

原来如此呀，谢谢您，我去试试

sobereva

junjiqiangzhe 发表于 2020-8-9 13:02
老师，您所说的合并命令“cat molc1\isomers.xyz molc2\isomers.xyz molc3\isomers.xyz molc4\isomers.xyz  ...

用cmder模拟linux环境也可以，此文提到了
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）

junjiqiangzhe

sobereva 发表于 2020-8-10 05:50
用cmder模拟linux环境也可以，此文提到了
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http: ...

好的，谢谢老师

15810593730

sob老师好！我想计算某种分子在水溶液或冰水界面上两两配对的稳定性及构象选择性（之前用了伞形采样，计算吉布斯自由能，但感觉顶多解决了前者）。我是在溶液或界面环境下跑的模拟，然后只把团簇分子(仅两个分子）的运动轨迹提取了出来(100ns, 共1000帧) 。这样直接构型优化其实是真空中做的。对于我研究的体系， MOPAC初步优化之后，生成的结构不是自己想要的，也与MD中构型差别较大。所以我直接对团簇分子轨迹进行了单点能计算(itask= 1 )，然后用能量阈值和几何阈值进行归簇。产生了以下问题：
1）由单点能得到结合能E(2A)-2*E(A) ，去解释团簇某种构型稳定性是不是容易受到质疑？需要什么修正项吗？
2）一些构象能量明显较低，根据Boltzmann分布计算出，这些构象占比较高，但在MD过程中出现次数极少。反而是能量排第五第六的，构型count倒挺大，这该怎么理解？打算升高温度来进一步探索构象空间。
3）能量阈值的选取，我暂时考虑的是当前温度下的k_B*T，但几何阈值，只能用VMD肉眼去调吗？
4）打算把团簇轨迹在隐式水模型下进行构型优化，看看与显式水下的团簇构型是否接近一些，但界面下的构型优化问题该如何解决？

sobereva

15810593730 发表于 2020-8-13 15:18
sob老师好！我想计算某种分子在水溶液或冰水界面上两两配对的稳定性及构象选择性（之前用了伞形采样，计算 ...

1 用自由能更严格。而且直接比较团簇的能量即可，没必要比较结合能
2 可能和Boltzmann比率的计算方式的合理性、MD采样充分程度有关
3 尝试不同数值，根据结果判断
4 优化本来就理应在隐式溶剂模型下做。但没有办法靠隐式溶剂模型表现界面

海人1213

SOB老师，我在Win10下运行molclus，调用Gaussian16 A.03
环境变量也设置了，template文件也确认过了，为什么程序一直报错？如下：
Error: This Gaussian task did not perform geometry optimization at all! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the template file

sobereva

海人1213 发表于 2020-9-28 16:58
SOB老师，我在Win10下运行molclus，调用Gaussian16 A.03
环境变量也设置了，template文件也确认过了，为什 ...

把settings.ini、template.gjf都上传我看看
一般来说要么是itask设错了，要么是漏了opt关键词，基本没其它可能

海人1213

sobereva 发表于 2020-9-29 15:07
把settings.ini、template.gjf都上传我看看
一般来说要么是itask设错了，要么是漏了opt关键词，基本没其 ...