使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-30 19:14:45

海人1213 发表于 2020-9-30 16:15

看一下中途产生的gau.out的内容，看看怎么回事，看不明白的话就上传此文件，并且把molclus窗口的截图发出来。

我怀疑Gaussian根本没运行。如果你用的是32bit Gaussian，给4GB内存不可能跑得起来，这里提了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

海人1213 · 发表于 Post on 2020-10-1 07:52:46

sobereva 发表于 2020-9-30 19:14
看一下中途产生的gau.out的内容，看看怎么回事，看不明白的话就上传此文件，并且把molclus窗口的截图发出 ...

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-2 12:44:24

海人1213 发表于 2020-10-1 07:52

gau.out末尾有明确报错提示
End of file in ZSymb.
明显是模板文件有问题，末尾空行不够多，属于Gaussian常识问题。自带的template.inp末尾都是有两个空行的。

海人1213 · 发表于 Post on 2020-10-2 18:37:07

sobereva 发表于 2020-10-2 12:44
gau.out末尾有明确报错提示
End of file in ZSymb.
明显是模板文件有问题，末尾空行不够多，属于Gauss ...

哇，果然是这个问题。
谢谢SOB老师

Zhangzhihe · 发表于 Post on 2020-10-16 11:01:58

各位老师好，我的 molclus 在得到 isomers.xyz 文件之后为什么是空文件啊头大

Zhangzhihe · 发表于 Post on 2020-10-16 11:05:39

Zhangzhihe 发表于 2020-10-16 11:01
各位老师好，我的 molclus 在得到 isomers.xyz 文件之后为什么是空文件啊头大

就用的模板文件修改了Gaussian路径

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-17 14:21:11

Zhangzhihe 发表于 2020-10-16 11:01
各位老师好，我的 molclus 在得到 isomers.xyz 文件之后为什么是空文件啊头大

屏幕上明确提示了，所有任务都失败了。把ibkout设1，自行看备份出来的每个体系的out内容判断什么导致失败的

Reminder · 发表于 Post on 2020-10-19 12:49:35

sob老师好，有个小bug
2.3中的 iappend：1=新产生的结构会覆盖原有的isomers.xyz文件；1=新产生的结构会续写到当前目录下之前的isomers.xyz文件前面的1应为0

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-21 12:14:34

Reminder 发表于 2020-10-19 12:49
sob老师好，有个小bug
2.3中的 iappend：1=新产生的结构会覆盖原有的isomers.xyz文件；1=新产生的结构会续 ...

谢谢指正！

wanlichuan · 发表于 Post on 2020-11-20 09:53:35

本帖最后由 wanlichuan 于 2020-11-21 10:28 编辑

      请教大家，我在重复“4.1 动力学模拟”这一步时，最后一个指令“sander -O -i md1.in -o md1.out -p EPH.prmtop -c EPH.inpcrd -r md1.rst -x md1.mdcrd”产生的三个文件：md1.out，md1.rst，md1.mdcrd和社长得到的三个文件都不一样，这导致了下一步的“4.2 转换轨迹”无法看到轨迹。而用社长提供的mdcrd文件是能够看到轨迹的。
   上一步得到的拓扑文件EPH.prmtop、结构文件EPH.inpcrd和社长的完全相同，md1.in就是用的社长的。后来我干脆直接用社长给的EPH.prmtop和EPH.inpcrd运行sander，出现相同的问题：得到的三个文件（md1.out，md1.rst，md1.mdcrd）和社长得到的都不一样，倒是和刚才我自己得到的完全相同。
   Ambertools18软件是按照动力学培训班上社长给的安装方法安装的，都很顺利，test结果如下：
1942 file comparisons passed
22 file comparisons failed
0 tests experienced errors

   我把自己得到的三个文件（md1.out，md1.rst，md1.mdcrd）上传了，希望高手能帮忙看看问题出在哪儿。谢谢。

md1.rst (1.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

md1.mdcrd (32.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

xxzj · 发表于 Post on 2020-12-18 10:29:58

老师，我用molclus+MOPAC做初步优化，研究的是二聚体，二聚体中一个分子就将近100多个原子，很长时间都计算不出一个结构，想问一下老师有没有什么办法可以加速一下

yygong · 发表于 Post on 2020-12-18 22:07:06

本帖最后由 yygong 于 2020-12-18 23:39 编辑

好方法，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-19 09:24:02

xxzj 发表于 2020-12-18 10:29
老师，我用molclus+MOPAC做初步优化，研究的是二聚体，二聚体中一个分子就将近100多个原子，很长时间都计算 ...

看具体怎么计算出出来，难收敛还是怎么回事

用molclus+xtb比molclus+MOPAC速度快得多

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-19 09:27:37

wanlichuan 发表于 2020-11-20 09:53
请教大家，我在重复“4.1 动力学模拟”这一步时，最后一个指令“sander -O -i md1.in -o md1.out - ...

可能是版本的差异

建议用gentor+molclus，或者confab+molclus，省事得多
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html（http://sobereva.com/575）

或者动力学部分改用xtb跑，方便得多
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

wanlichuan · 发表于 Post on 2020-12-21 11:07:43

sobereva 发表于 2020-12-19 09:27
可能是版本的差异

建议用gentor+molclus，或者confab+molclus，省事得多

明白了，谢谢社长回复。

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