使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

jctyp · 发表于 Post on 2020-12-26 16:22:07

请教molclus不正常结束：“Note: Unable to locate "Input orientation:" field, load standard orientation instead”，为什么？

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-27 06:33:20

jctyp 发表于 2020-12-26 16:22
请教molclus不正常结束：“Note: Unable to locate "Input orientation:" field, load standard orientatio ...

没细节没法说
可能模板输入文件里的关键词不合理
把settings.ini、模板输入文件，traj.xyz都压缩后上传

jctyp · 发表于 Post on 2020-12-27 10:46:58

sobereva 发表于 2020-12-27 06:33
没细节没法说
可能模板输入文件里的关键词不合理
把settings.ini、模板输入文件，traj.xyz都压缩后上传

似乎是优化不收敛导致的结果，但是settings.ini文件ipause=0,不收敛不应该导致molclus中断，麻烦卢老师分析一下原因。

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-28 08:28:20

jctyp 发表于 2020-12-27 10:46
似乎是优化不收敛导致的结果，但是settings.ini文件ipause=0,不收敛不应该导致molclus中断，麻烦卢老师分 ...

我今日在官网上发布了1.9.9.2版解决了这个问题。实测对你的体系可以顺利优化。

另外，不建议你对opt用tight收敛限，要不然对这种体系优化达到收敛的步数会相当多，太花时间。而且这个阶段本身就是初步筛选，最后肯定得用更像样基组进一步优化，所以这个阶段收敛到那么精确也没有任何实际意义。

jctyp · 发表于 Post on 2020-12-28 11:05:47

sobereva 发表于 2020-12-28 08:28
我今日在官网上发布了1.9.9.2版解决了这个问题。实测对你的体系可以顺利优化。

另外，不建议你对opt用 ...

明白，谢谢卢老师。

jctyp · 发表于 Post on 2020-12-28 19:50:38

sobereva 发表于 2020-12-28 08:28
我今日在官网上发布了1.9.9.2版解决了这个问题。实测对你的体系可以顺利优化。

另外，不建议你对opt用 ...

卢老师，今天下载了您最新的molclus_1.9.9.2_Linux,试算了压缩文件中第4帧，又报错了，molclus中断，报错内容类似，麻烦您看一下，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-29 08:41:19

jctyp 发表于 2020-12-28 19:50
卢老师，今天下载了您最新的molclus_1.9.9.2_Linux,试算了压缩文件中第4帧，又报错了，molclus中断，报错 ...

我重新更新了一下程序。重新下载即可。你的情况太特殊了，第一步就SCF不收敛。
当前体系属于SCF较难收敛的情况。建议考虑写上IOp(5/13=1)，这样碰见SCF不收敛就凑合往后跑，越跑到接近极小点结构，通常SCF越容易收敛。对于预优化难收敛的原子团簇用禁忌的IOp(5/13=1)是可以在适当情况下允许的。
PS：凡是运行中途看到屏幕上出现一堆502.exe，就说明SCF没收敛。

我强烈建议你先用molclus+xtb实现预优化，省至少两个数量级时间。之后再用B3LYP进一步优化为宜，由于此时初始结构就已经有一定化学合理性了，到时候DFT也比较容易收敛了。

jctyp · 发表于 Post on 2020-12-29 11:39:09

sobereva 发表于 2020-12-29 08:41
我重新更新了一下程序。重新下载即可。你的情况太特殊了，第一步就SCF不收敛。
当前体系属于SCF较难收敛 ...

任务已提交，暂未出现问题，谢谢！

lyt0226 · 发表于 Post on 2021-1-6 17:14:33

想请问一下大家在进行molclus调用MOPAC运行template.mop时显示“cannot found MOPAC.arc ”导致计算失败，无法生成isomers.xyz，是什么原因？

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-7 00:24:10

lyt0226 发表于 2021-1-6 17:14
想请问一下大家在进行molclus调用MOPAC运行template.mop时显示“cannot found MOPAC.arc ”导致计算失败， ...

把molclus窗口截图

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-7 23:46:07

lyt0226 发表于 2021-1-7 12:04
如附件，谢谢老师

你先确保你能正常使用MOPAC做一个普通的任务，确保安装无误
如果单独运行可以，用molclus调用MOPAC算最简单的体系，比如水分子之类的。如果这都不行，8成是你的MOPAC模板文件内容有问题

lyt0226 · 发表于 Post on 2021-1-8 15:08:27

sobereva 发表于 2021-1-7 23:46
你先确保你能正常使用MOPAC做一个普通的任务，确保安装无误
如果单独运行可以，用molclus调用MOPAC算最 ...

好的，明白

十分感谢sob老师！！

Kiwgi · 发表于 Post on 2021-3-19 21:58:08

本帖最后由 Kiwgi 于 2021-3-20 08:37 编辑

社长，我完全按照文章的设置要求，甚至在环境变量两个窗口都加了GAUSS_EXEDIR环境变量，但是按照步骤优化筛选到了3.5节的时候，将文件夹重命名为traj后执行exe文件，exe窗口打开了显示正在run，但是半个小时没有进行任何内容变化，请问是在计算还是哪里出了问题呢？（我的gaussian经常只要是gjf不在目录文件下就报错），而且exe窗口上也有一个报错D:\桌子\1.PNG

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-3-19 23:27:51

本帖最后由 wzkchem5 于 2021-3-19 23:32 编辑

Kiwgi 发表于 2021-3-19 21:58
社长，我完全按照文章的设置要求，甚至在环境变量两个窗口都加了GAUSS_EXEDIR环境变量，但是按照步骤优化筛 ...

[注意：如果是Windows版Gaussian，gaussian_path必须指向诸如g09.exe而不能是g09w.exe，因为后者只是前者的一个图形界面而已。另外，运行前还必须进入“控制面板”-“高级系统设置”-“高级”-“环境变量”，添加GAUSS_EXEDIR环境变量，使之指向Gaussian目录（不是指向可执行文件名），如D:\study\g09w，否则Gaussian没法以命令行方式运行，也因此molclus将没法调用Gaussian。]你是不是没有按照这句话做

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-20 21:22:51

Kiwgi 发表于 2021-3-19 21:58
社长，我完全按照文章的设置要求，甚至在环境变量两个窗口都加了GAUSS_EXEDIR环境变量，但是按照步骤优化筛 ...

别干等着，仔细看当前产生的gau.out里的内容判断算到了什么情况

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