粗粒化链首少bead

HanLuyao · 发表于 Post on 2026-1-6 10:46:22

在AA转换成CG结构的时候，由于我的体系太大，我将链进行了拆分，然后跑了martinize2，但是只有A链的N端top包含两个bead，其他的链N端只有一个bead(缺少BB)。下面是A链和B链的top部分，两条链是一样的，生成的top也不一样

student0618 · 发表于 Post on 2026-1-6 14:21:28

链是一样的话生成一条，topology 的 [ molecules ] 下写两个就可以了。

HanLuyao · 发表于 Post on 2026-1-6 21:39:39

student0618 发表于 2026-1-6 14:21
链是一样的话生成一条，topology 的 [ molecules ] 下写两个就可以了。

但是还有其他不一样的链，也是出现链首少BB这个bead的情况

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[GROMACS] 粗粒化链首少bead