求助PDA与甲基丙烯酰化明胶之间的作用的模拟得到的构型问题

ZiShangLiang

我想使用materials studio计算聚多巴胺（PDA）与甲基丙烯酰化明胶（GelMA）之间的相互作用。使用了四个GelMA片段和一个PDA片段。使用AC盒子进行模拟，选择了能量最低的步，还是有一个GelMA分子距离PDA很远。我使用了forcite 的dynamics 在273K  NVT模拟，PDA和GelMA的构型依然没有多大变化。  我的疑问是，GelMA和PDA不应该距离比较近么？最起码有氢键作用。